原标题:在热图中标注出特定基因名称
对于基因的差异表达谱,常用热图作为展示。但有时差异基因可能非常的多,热图中不可能将所有基因的名称标注出来。那么此时不妨选择一些比较重要的基因(比方说p值最显著的那些),在图中指示它们的位置。
我们来看这篇文献“Transcriptome Profiling of Adipose Tissue Reveals Depot-Specific Metabolic Alterations Among Patients with Colorectal Cancer”中,是怎样展示热图的。文中比较了结直肠癌患者的内脏脂肪组织(VAT)和皮下脂肪组织(SAT)的转录组谱,将差异表达的基因展示为热图。热图整体结构在标注了部分基因后,并未显得凌乱,同时还能告知读者哪些基因是重要的,必要时还可仔细比较它们的表达值,是种不错的表现方法。
文献插图,热图中只标识出重要的基因或蛋白名称
图1,(a)VAT和SAT之间差异表达基因的热图。
准备作图文件
接下来,就让小编带大家了解怎样在R中绘制这种只标识重要基因的热图。
为了绘制这种热图,首先要准备两类数据。
(1)基因表达矩阵,行是基因,列是样本,表达值可以是FPKM或者log转化后的表达值等都可以。
示例文件,基因表达值矩阵
(2)基因名称列表,将待标识的重要基因名称以一排的形式放在一个列表中。
示例文件,重要的少数基因的名称列表