归一化处理tpm_RPKM, FPKM 与 TPM

在对RNAseq进行分析时，总是被问到这3个概念的差别。那么这里我再梳理下自己对这3个概念的理解，希望可以帮助你。

01

Reads Count

在RNAseq数据中，raw reads count一般是指mapped到基因外显子区域的reads数目。比如说htseq，STAR，或者RSEM等NGS分析流程计算产生的counts值。其中RSEM(RNA-Seq by Expectation-Maximization)，考虑到一条read 可能会匹配多个exon位置，故而其产生的为expected counts。

注：可以通过IGV对bam文件进行真实的reads数目观察

02

FPKM与RPKM

RPKM和FPKM在我刚读研究生的时候，就已经很常用了，不过随着生物信息学发展和算法改进，逐渐有些科学家认为这种对基因表达归一化的方法是够准确，所以现在差异分析方法都采用raw reads count值，作为输入数据，比如EdegR、DESeq2。

• RPKM

RPKM(Reads Per Kilobase