富集分析相信大家都用的特别多,尤其在测序数据冗余的今天,不管是转录组、甲基化、ChIP-seq还是重测序,都会用到对一个或多个集合的基因进行功能富集分析。分析结果可以揭示这个集合的基因具有什么样的功能偏好性,进而可以对其相应的生物学意义做出判断。
今天给大家分享如何使用DAVID (the Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery),进行GO和KEGG富集分析。
(1)打开DAVID官网:https://david.ncifcrf.gov/
(2)点击左侧功能菜单:Functional Annotation
(3)进入到如下的页面中,页面中的大红框中就是进行分析所用的主要操作区域。进入分析页面后,通过如下三步即可完成分析:
提交基因列表 --> 选定提交列表类型 --> 开始分析
a、在 “Enter Gene List” 中上传基因列表,格式是每行一个基因。按照 DAVID 的要求,总的基因个数不得超过 3000 个。这里使用的基因序列:
AAK1
AIF1
ATP5J
BCL11B
CDC25B