Ubuntu18.04安装Aspera批量下载SRA数据

本文介绍了如何在Ubuntu18.04操作系统上安装Aspera工具,并通过Aspera进行单个及批量下载SRA数据。首先,需要在用户目录下安装Aspera,下载链接可在IBM官网获取。然后,可以通过ENA Browser查找SRA数据,对于批量下载,需要创建srr.list文件和asperaBulk.sh脚本来实现。

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安装

aspera只能安装在用户目录,创建用户

下载链接可在IBM网站获取

Aspera - Connect | IBM 

d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect_latest/v4/bin/ibm-aspera-connect_4.1.0.46-linux_x86_64.tar.gz

也可以从本地使用WinSCP上传到服务器

adduser wyl
su wyl
cd /home/wyl
wget https://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect_latest/v4/bin/ibm-aspera-connect_4.1.0.46-linux_x86_64.tar.gz
tar -zxvf ibm-aspera-connect_4.1.0.46-linux_x86_64.tar.gz
./ibm-aspera-connect_4.1.0.46-linux_x86_64.sh

# 记得切换到root模式添加环境变量,不然就只能在用户下使用
su root
echo """export PATH=\"/home/wyl/.aspera/connect/bin:\$PATH\" """ >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

ascp -h

下载单个(批量)SRA

ENA Browser查找SRA数据

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