线粒体和叶绿体的基因组特点_如何组装植物叶绿体基因组

最新推荐文章于 2024-08-16 08:00:28 发布
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文章标签： 线粒体和叶绿体的基因组特点
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_39634194/article/details/112381756
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本文介绍了如何使用NOVOPlasty软件组装植物叶绿体基因组，包括解决内存问题、配置文件设置、软件安装及运行、结果解读等步骤，强调了在组装过程中可能遇到的问题及解决方案。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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可能出现的问题：

*个人电脑上遇到不能collect memery的情况，是电脑内存较少，建议分成用2G左右的数据进行组装。

* Seed.fasta #用于起始组装的种子序列，NOVOPlasty安装软件目录下有这个文件，就叫这个名字，作者亲测还是这个种子序列最好用。

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叶绿体是绝大多数陆生植物都有的细胞器，让人惊奇的是，植物叶绿体和线粒体一样，都有着自己一套遗传物质。本文介绍如何用高通量测序数据利用两款常用的叶绿体基因组组装软件（NOVOPlasty和Get Organelle）来组装完整的叶绿体基因组。

两个软件都是命令工行

1.软件安装

NOVOPlasty

1.1系统和语言安装

NOVOPlasty是由perl语言写的，先让自己的电脑安装perl语言的编译器，

https://www.perl.org/

建议使用Linux系统,电脑已经是linux 系统或者macos的就不用管了，windows系统可以下载subsystem for windows具体的操作就不再这里描述了,可以参考下面两个连接里面的内容。确保你的电脑是有大于等于8G的运行内存。

WSL(Windows Subsystem for Linux)的安装与使用​
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