tcga数据下载_TCGA数据分析系列 蛋白相互作用网络

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TCGA数据分析课程：生物信息学教学

我们的TCGA数据分析系列已经出过几期

TCGA数据分析系列（一）

TCGA数据分析系列（二）：数据库之GEPIA2

TCGA数据分析系列（二）：UALCAN数据库

TCGA数据分析系列（二）：LinkedOmics

TCGA数据下载与ID转换

TCGA差异分析及ggplot作图验证

TCGA数据分析系列之火山图

之前我们已经得到了差异分析结果，接下来我们做差异基因的蛋白相互作用网络

首先我们筛选adj.P.Val<0.01,logFC<-3和>3的基因，共有457个。接下来我们介绍两种方法进行蛋白相互作用网络的构建,并用cytoscape软件作图

1 Metascape数据库

http://metascape.org/gp/index.html#/main/step1

打开网站，将基因集复制进去

物种选择人，点击Expression Analysis

运行一会后，出现黄色按钮即可

这个网站不仅可以做蛋白相互作用分析，还可以富集分析，点击All in One Zip File可以下载所有分析结果和图，这里展示了富集分析中P值最小的前20个，值得一提的是，这个网站的富集分析吧所有的项目放在一起作图，包括Canonical Pathways， CORUM，GO Biological Processes，KEGG Pathway，Reactome Gene Sets

还有通路之间的网络关系

下面就是今天的主角，蛋白相互作用网络

PPI网络默认用了MCODE算法来识别网络的关键亚集，很多人选择hub基因就是通过这个方法选择

另外每个MCODE亚集还有单独的富集分析结果显示，不过这个图是没有高清的图可以使用的。

昨天组内课题汇报，也看到有人用这个网站做PPI分析，跟图里面一样，基因多的时候就都挤在一块了，那么有没有方法可以将图改变一下呢？

可以看到箭头指的方向可以下载CYS文件，而这个文件就是大名鼎鼎的可视化软件cytoscape的格式

我们下载后打开是这个样子的（需要提前安装cytoscape软件，百度搜索官网下载即可）

选中第一个MCODE，点击上面这个箭头所指的按钮

这样我们就吧MCODE1新开了一个界面

如图所示，就可以用自带的显示方式来显示MCODE1

字母被挡到了怎么办呢，选择Label Position可以进行调节

全部都选Center

出来是这个样子

再调整字体大小

这样就好看多了

然还有其他很多展示方式可以选择，比如Circular

出来是这个效果，其实跟刚刚的图是一样的，只是半径变大了，半径可是可以设置的

再比如Radial

出来是这个效果

2 STRING数据库

https://string-db.org/

打开网站，输入基因集

选择物种

继续

出来的效果

去掉没有连线的基因

得到下图

下载TSV格式的文件

拖到cytoscape软件中

打开是这样的

然后经过一步步调整，利用到cytoHubba和MCODE这两个插件得到下面的几张图。（这个过程比较复杂，实在不适合用文字和图来描述。其实我也之前也录过视频，在公众号的在线课程中的TCGA数据分析大全中有，点击阅读原文可直达）

好了，蛋白相互作用网络就分享到这了。

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