预测分析表c++_PICRUSt2：OTU/ASV等16S序列随意预测宏基因组，参考数据库增大10倍...

PICRUSt推出了近6年，引用2500余次。

现推出PICRUSt2 https://github.com/picrust/picrust2

具有以下三大优势：

1. 任何OTU/ASV直接预测功能；

2. 数据库扩大10倍；

3. 一条命令完成全部分析。

简介

https://github.com/picrust/picrust2/wiki

PICRUSt2 (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States)是一款基于标记基因序列来预测功能丰度的软件。

“功能”通常指的是基因家族，如KEGG同源基因和酶分类号，但可以预测任何一个任意的特性。同样，预测通常基于16S rRNA基因测序数据，但也可以使用其他标记基因。

在这个帮助文档中，您可以找到脚本、安装说明和工作流的描述。有关详细信息，请参见github wiki的右侧栏。

PICRUSt2包括这些改进以及与原始版本相比的其他改进：

• 允许用户预测任何16S序列的功能。

  来自OTU或扩增序列变体(amplicon sequence variants，ASV，例如DADA2和Deblur输出)的代表性序列可通过序列放置方法用作输入。

• 用于预测的参考基因组数据库扩大了10倍以上。

• 从Castor R包中添加隐藏状态预测算法。

• 允许输出MetaCyc 本体预测，这将可与普通宏基因组学的结果比较。

• 通路丰度的推断现在依赖于MinPath，这使得这些预测更加严格。

工作流程

PICRUSt2 Flowchart

引用

• For phylogenetic placement of reads:

  • HMMER (paper, website)

  • EPA-NG (paper, website)

  • gappa (pre-print, website).

• For hidden state prediction:

  • castor (paper, website)

• For pathway inference:

  • MinPath (paper, website)

安装

https://github.com/picrust/picrust2/wiki/Installation

仅支持Linux或Mac，且运行至少16G内存。

推荐conda安装，自动解决依赖关系。

conda create -n picrust2 -c bioconda -c conda-forge picrust2
source activate picrust2

可选源码安装、pip安装，不推荐，详见上方原始网