python perl 比较生信_实用的在线生信工具汇总（一）

导语：

生物信息学分析已经成为当前科研狗们的必备技能，但对于广大非生信专业的科研人员来说，Python，Perl和R语言这些高大上的专业生信技能似乎有些遥不可及，但其实我们完全不必和那些代码打交道，很多在线的网站就具有强大的分析作图功能。上期小编已经给大家分享了NCBI中的几个小工具(

转录组分析是目前应用最为广泛的测序分析之一，最常见的目的是挖掘不同样品间的差异表达基因，并分析这些基因的功能注释和调控网络等等。对于实验人员来说，通常只需要设计实验，提取RNA，公司就能完成整个的分析流程。通常公司会给出一份非常详细的结题报告，而我们往往会发现90%以上的数据和图表都是没用的，文章里面需要用到的可能就是一两张图而已。既然如此，我们为什么不自己尝试着分析呢？

韦恩图又称文氏图，用来表示几个数据集之间的关系，常见于转录组分析中差异表达基因的统计结果中。这款在线版的工具最多支持4组数据的韦恩图绘制，其操作非常简单，只需要将几组数据的列表输入到相应的list中，即可自动生成韦恩图。通常我们只需要修改list名称，并将Style改成Colors，然后一张简洁美观的韦恩图就生成了。图片导出也十分简单，在图片框中点击鼠标右键-图片另存为即可。

这是一款专注于农业领域的在线分析工具和数据库，目前已更新到2.0版本，支持45个物种和292种数据类型。有基因富集分析、基因富集参数分析、基因富集分析的交叉比较等多种工具，能方便快捷地获得基因富集分析的结果。下面简单介绍该网站的用法。

以最常见的基因富集分析为例，点击Species，选择物种(这里以拟南芥为例)，点击【ANALYSIS TOOL】选择单富集分析，即Singular Enrichment Analysis (SEA)，在列表框中输入差异表达基因的ID，点击Submit就能得到结果。若物种列表中没有相应物种，可以选择定制模式(customized mode)，但要同时输入基因ID和GO注册号。

结果文件包含四部分，下面一一说明：

(1) 分析结果总结包含物种、参考基因组、显著富集的GO通路数量等信息；

(2) 层次图，整个图片又分为三个GO类别，分别是生化工程、分子功能和胞内组分，用户可提取自己需要的部分，选择图片参数后点击【generate】即可生成图片。每个方框表示一个GO通路并有相应的说明，颜色越深表示富集程度越高；

(3) 柱形图，给出了显著富集的GO通路，同样设置好参数后点击【generate】生成图片，其中每条柱子都表示一条显著富集的代谢通路；

(4) 显著富集GO通路的详细信息，包括p-value，GO通路的说明等。

关于Agrigo的其他分析工具，读者可按照使用说明自行尝试，在此不做更多介绍。

KEGG全称为Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(京都基因与基因组百科全书)，由日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立。KEGG整合了基因组、化学和系统功能信息，把从已经完整测序的基因组中得到的基因目录与更高级别的细胞、物种和生态系统水平的系统功能关联起来。与NCBI一样，KEGG也是国际上最常用的生物信息数据库之一，内容丰富，功能强大，这里小编只介绍与转录组分析相关的一些使用技巧。

转录组分析中我们经常感兴趣的是某些差异表达基因是否参与了某些特定的代谢通路中，这时候KEGG就派上用场了。例如我们感兴趣的是一些参与植物生长素信号转导的基因，那么怎么操作呢，下面具体说明。

在KEGG主界面搜索框中输入plant hormone，点击Go，出现两个map，点击map04075，得到数据库中关于植物激素信号转导(PATHWAY: map04075)的有关信息。从pathway map中我们可以看到所有已知的参与植物激素信号转导的代谢物和酶。在这里对这张图做一个简要说明。椭圆形表示其他代谢通路，小圆圈表示代谢物，矩形框表示参与代谢的酶。以图中的生长素运输载体AUX1为例，点进去后可以看到各个物种的AUX1基因。如果我们的差异表达基因集中有相关基因，就可以认为这些基因参与了这条代谢通路。

那么怎么查看参与这条代谢通路上的所有基因呢，还是回到我们刚才的界面PATHWAY: map04075，在最下方有一栏是KO pathway(KO是KEGG代谢通路中的中基本单位，通常统一通路中功能相似的基因归为一组，即一个ko)，点击ko04075，进入之后可以看到出现了更多关于这条代谢通路上的信息，其中Ortholog一栏就是参与这条代谢通路所有已知的基因。

现在问题来了，假如我们关注的基因参与了这条代谢通路，怎么用图形具体表现呢？这就要用到KEGG中的作图工具了。回到KEGG主界面，在下方的Analysis tools中选择KEGG Maper，进入之后选择Search&Color Pathway，这就是我们要用到的作图工具了。在select栏选择reference，在输入框中输入相应基因的ko编号(注意不是基因ID)，并在ko编号后面写上需要显示的颜色(默认为粉色)，最后点击下方的Exec按钮，就能够得到最后的结果了。现在见证奇迹的时刻到了，点击结果中最下方的map04175就生成了我们最终需要的代谢通路图，可以看到我们输入的基因已经着色了，很神奇有木有！

KEGG网站能做的分析其实还有很多，比如可以用BlastKOALA工具进行基因功能注释，也可进行BLAST序列分析等等，在这里就不一一介绍了，如果对KEGG网站其他内容感兴趣的小伙伴，欢迎留言告诉小编哦！

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