aggr代码 cellranger_Cell Ranger 3.0 VS 2.0做了哪些改动（10x数据上游分析神器）

不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了，很幸运聚集了五个小伙伴携手共进，我们承诺不间断更新5个月，把我们这两年的学习成果全部掏出来给大家，包括5个栏目：

文献速递(简短介绍，扩充知识面)

文献详解(图文并茂带来大家系统性学习)

R与bioconductor技巧(书籍翻译，妙招共享)

scRNAseq的GitHub书籍翻译(原汁原味的名校教程)

全网第一个单细胞转录组视频教程学习笔记分享

希望大家能有所收获！！！

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前言

事情是这样的…

有一天，一个生信菜鸟突然想尝试一下Cellranger aggr在合并两个Sample的效果，由于之前都是利用Seurat的CCA功能来移除Batch effects, 在Aggregate 的时候突然报错提示两个样本的Molecular info h5是基于不同的转录组版本Mapping的，于是作者不得不重新跑了一下数据，跑完之后惊讶的发现细胞数目多了很多(多了大约2000个细胞)，再一查看输出的outs里面竟然没有了mm10文件夹，输出的文件也都变成了压缩包的形式，难道我的数据出问题了？于是赶紧问询了一下隔壁Lab的小伙伴，发现原来是10x Genomics公司对Cell Ranger软件进行升级改造，本着“存在即合理”的想法，作者和广大群友讨论了一下新版Cell Ranger的主要变动。

首先，新版的Cell Ranger可检测到更多的低RNA含量细胞。Cell Ranger3.0降低了细胞检测的阈值，不再对单个细胞的