R语言读取hallmarks的gmt文档的不同姿势整理

于 2024-12-18 20:46:56 发布
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分类专栏： R语言和python单细胞空间转录组绘图代码 文章标签： r语言 生物信息学 学习
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不同格式各有所用

1.读取数据框格式的

hallmarks <- clusterProfiler::read.gmt("~/genelist/h.all.v7.4.symbols.gmt") #返回的是表格
hallmarks$term<- gsub('HALLMARK_',"",hallmarks$term)

适配Y叔的clusterProfiler的后续分析，比如整理后genelist后做gsea

gseahallmarks <- GSEA(geneList,
                      TERM2GENE =hallmarks)

2.读取列表格式的

hallmarks <- fgsea::gmtPathways("~/genelist/h.all.v7.4.symbols.gmt")
names(hallmarks)<- gsub('HALLMARK_',"",names(hallmarks))

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