文献解读目录：
IF：12+ 不同癌症中TMB与ICI反应之间的免疫相关因素研究
IF：4+ 铁代谢和免疫相关基因标记预测三阴性乳腺癌的临床结局和分子特征
IF：14+ “冒烟型”骨髓瘤的分子组成突显了导致多发性骨髓瘤的进化途径
IF：5+ 7种癌症免疫治疗证明DNA损伤反应通路突变可作为免疫检查点封锁疗效的潜在生物标志物
IF：11+ 研究CpG岛甲基化表型病因和致癌转化的泛癌综合分析
IF：7+ 基于转录组水平上探究种植周炎和类风湿性关节炎的相似性和潜在关系:一项生物信息学研究的结果
IF：6+ 益气化瘀汤诱导胃癌铁死亡的网络药理学研究及实验验证
IF：11+ 鳞癌基因标记预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗的敏感性
IF：7+ 免疫微环境中的免疫基因标记和免疫类型与胶质瘤的预后相关
IF: 8+ m6A调控因子与m6A相关的lnc/mRNA作为结直肠癌预后因子的综合性分析
IF: 6+ m6A信号与肿瘤免疫微环境在胶质瘤中的预后分析及验证
IF: 4+ 通过共表达网络鉴定急性心肌梗死患者血小板转录组关键基因模块和通路
IF：13+ Nomogram预测免疫检查点抑制剂治疗MSI-H型转移性结直肠癌患者的预后
IF：4+ 鉴定与股骨头坏死软骨氧化应激相关的Hub基因和通路
IF：伴FLT3-ITD突变的急性髓系白血病在米哚妥林治疗下的克隆进化
IF：8+ 小儿感染性休克的特征基因及与免疫细胞浸润的关系分析
IF: 8+ 基于单细胞 RNA-seq 构建非小细胞肺癌免疫反应的中性粒细胞预后模型
IF: 5+ 葡萄球菌核酸酶结构域含蛋白1 (SND1)在人类肿瘤中的致癌作用的泛癌分析
IF：6+ 综合分析揭示了一种炎症性癌症相关的成纤维细胞亚型在预测膀胱癌患者的预后和免疫治疗反应方面具有重要意义
IF: 25+ 单细胞转录组+scBCRseq联合分析研究癌症克隆结构和转录进化
桓峰基因的教程不但教您怎么使用，还会定期分析一些相关的文章，学会教程只是基础，但是如果把分析结果整合到文章里面才是目的，觉得我们这些教程还不错，并且您按照我们的教程分析出来不错的结果发了文章记得告知我们，并在文章中感谢一下我们哦！
公司英文名称：Kyoho Gene Technology (Beijing) Co.,Ltd.这期分享一篇2021年5月份发表在 science advances (IF:13.6)，作者基于scRNA-seq研究生物合成的微环境支架在小鼠皮肤伤口愈合中的应用。该文章使用桓峰基因公众号里面生信分享教程即可实现，有需要类似思路的老师可以联系我们！
摘 要
生物材料的结构特性在指导细胞行为和影响对材料的免疫反应方面起着至关重要的作用。我们制作了三种表面形貌(随机、排列和点阵)的电纺丝膜，将其应用于小鼠和大鼠背部皮肤切除伤口，并评估了它们对伤口愈合和免疫调节特性的影响。在单细胞RNA测序的帮助下，对微环境中不同免疫细胞的概述揭示了体内不同的细胞异质性。排列后的支架将免疫反应的时间进程提前到适应性免疫优势阶段。在没有成熟T淋巴细胞的小鼠中，缺乏创伤诱导的毛发新生表明T细胞对毛囊再生的调节作用。支架周围的微环境涉及免疫细胞和皮肤细胞的复杂相互作用。
生信分析流程
相关数据集选择：
scRNA-seq 数据
Real time qPCR
基因集选择：
单细胞分析结果找到的Marker
生信分析方法：
我们从文章的分析流程中提取所有的分析内容，整理出来就 6个分析条目，每个条目都包括分析的内容，这些分析构成了整个文章，本文属于构建生物模型和单细胞测序生信分析结合的文章，下面我们就看看哪些分析可以利用桓峰基因公众号的教程来实现，点击分析条码就会跳转到对应公众号的教程，跟着教程做，您也能发轻松发高分，如下：
1. 10X 测序数据集处理 （cellranger）
2. 数据整理及可视化（Seurat）
3. 细胞类型注释（SingleR）
4. 受体-配体分析绘制细胞-细胞相互作用图 （cellchat）
5. T 细胞的伪时间排序和沿轨迹分布分析（Monocle3）
6. 进行 GO 和 KEGG 注释 （clusterProfiler ）
研究结果
1. 三种电纺丝支架对大鼠皮肤创面愈合的影响。
(A)随机、排列和点阵静电纺丝膜的表面形貌。
(B)评估大鼠皮肤伤口愈合的工作流程。
(C)大鼠皮肤切除创面模型的手术过程。
(D、E) 3、5、7、14天的残余创面面积。
(F)对照组(Ctrl)和三种支架植入组的组织学图。
(G)间隙宽度的半定量评价。
(H) Krt5(红色)和Krt10(绿色)免疫荧光染色。
(J)生物材料周围异物反应评价。异体巨细胞排列在随机和点阵膜上，排列膜上的异体巨细胞较少。
(K)随机、排列和晶格膜周围的纤维化囊的厚度。
2. 三种电纺丝支架对小鼠皮肤创面愈合的影响。
(A)评估小鼠皮肤伤口愈合的工作流程。
(B)小鼠皮肤切除创面模型的手术过程。
(C、D) 3、5、7、14天的残余创面面积。
(E)三种支架植入对照组和其他组的组织学分析。
(F)间隙宽度的半定量评价。
(G)生物材料周围异物反应评价。
(H)随机、排列和晶格膜周围的纤维化囊的厚度。
(I和J) GO和KEGG分析，分别显示排列支架的免疫调节作用。
3. 单细胞转录组分析概述。
(A)单细胞实验流程。
(B)按Ctrl和对齐样本的细胞被分为12个主要类别。列出了每个类中的细胞群、细胞数(%)以及对齐和Ctrl细胞的组成。
(C) 26个细胞簇(12类)的标记基因。
(D)按Ctrl和Aligned的基因表达差异。
4. 进一步分析keratinocytes, fibroblasts, neutrophils, and DCs。
(A)角质形成细胞亚群显示12个亚群。
(B)每个角质形成细胞亚群的标记基因。
(C)不同角质形成细胞亚群的位置。
(D)成纤维细胞亚群显示八个亚群。列出了每个子集的标记基因和组成。
(E)中性粒细胞亚群显示三个亚群。
(F)氧化石墨烯分析中中性粒细胞亚群的标记基因及其富集基因集。
(G)中性粒细胞亚群相关性分析。
(H)显示两个子集的dc的子聚类。
(I) DC亚群的标记基因。
(J) dc中抗原呈递相关基因的表达
5. 巨噬细胞分析。
(A)巨噬细胞亚群显示四个亚群。列出了每个子集的标记基因和组成。
(B)GO分析中每个巨噬细胞/单核细胞亚群的标记基因及其富集基因集。典型的M1和M2标记和其他建议的标记的表达。
(C)利用CD68在体内流式细胞术鉴定单核细胞和巨噬细胞。
(D)巨噬细胞/单核细胞的伪时间顺序和四个亚群沿轨迹的分布。
(E)巨噬细胞/单核细胞亚群相关性分析。
6. T细胞分析。
(A) T细胞亚群显示四个亚群。
(B) GO分析中T细胞亚群的标记基因及其富集基因集，显示AT31亚群表达细胞毒性T细胞、TH1细胞和TH17细胞的基因特征。
(C)典型T细胞标记物的表达与目前计算机衍生的聚类不一致。
(D) T细胞的伪时间顺序和四个子集沿轨迹的分布。
(E) T细胞亚群相关性分析。
(F)蛋白质组学分析显示，Ctrl组和Aligned的Tap表达量较高。
7. 根据CellChat的受体-配体分析绘制细胞-细胞相互作用图，以及排列组和对照组(Ctrl)之间伤口愈合和免疫反应差异的总结。
(A) AIM1与其他细胞类型之间的信号。
(B) AT11与其他细胞之间的信号。
(C) HDF1与其他细胞之间的信号。
(D) IFEB与其他细胞之间的信号。
(E)排列的膜具有免疫调节特性并促进愈合。
(F)排列组和Ctrl组免疫细胞的饼状图，显示每种细胞类型中细胞组成的差异。(G)Aligned和Ctrl组先天和适应性免疫反应的时间框架。
(H)排列支架周围的免疫微环境
8. 三种支架的综合分析显示随机支架、网格支架和排列支架周围免疫微环境的差异。
(A)随机的、排列的和格子样的细胞聚为25个簇。
(B)列出每簇细胞数(%)及其标记基因。
(C)每簇细胞的组成。
(D)巨噬细胞亚群显示四个亚群。列出了组间差异。
(E) T细胞亚群显示六个亚群。列出了组间差异。
(F) T细胞与愈合参数之间的相关性。
Reference:
1. Hu C, Chu C, Liu L, et al. Dissecting the microenvironment around biosynthetic scaffolds in murine skin wound healing. Sci Adv. 2021;7(22):eabf0787. Published 2021 May 26. doi:10.1126/sciadv.abf0787
利用这个软件包实现了全自动化快速很快细胞类型注释，但是从rowdata开始做还是要求有一定生信分析基础的，有需求的老师可以联系桓峰基因，关注桓峰基因公众号，轻松学生信，高效发文章！
桓峰基因，铸造成功的您！
未来桓峰基因公众号将不间断的推出单细胞系列生信分析教程，
敬请期待！！
桓峰基因官网正式上线，请大家多多关注，还有很多不足之处，大家多多指正！
http://www.kyohogene.com/
桓峰基因和投必得合作，文章润色优惠85折，需要文章润色的老师可以直接到网站输入领取桓峰基因专属优惠券码：KYOHOGENE，然后上传，付款时选择桓峰基因优惠券即可享受85折优惠哦！https://www.topeditsci.com/
303
被折叠的 条评论
为什么被折叠?
到【灌水乐园】发言
