StripedHyena架构

StripedHyena架构深度解析

StripedHyena是由 美国弧形研究所（Arc Institute） 专为处理超长生物序列数据（如基因组、蛋白质组）设计的混合架构，其核心目标是平衡长程依赖建模与计算效率。以下是其技术原理、创新点及性能优势的详细拆解：

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1. 设计背景与核心挑战

• 传统Transformer的局限性：
  标准Transformer的注意力机制复杂度为$O(n^2)$（n为序列长度），在处理百万级碱基对的基因组数据时，面临内存爆炸和计算成本过高的问题。
• 生物学需求：
  基因组功能依赖局部模式（如启动子序列）与远距离相互作用（如染色质三维折叠）的协同，需同时捕捉短程与长程特征。

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2. 架构设计原理

StripedHyena通过卷积与注意力的交替堆叠，实现多尺度特征提取：

2.1 模块化单元结构

每个StripedHyena单元由 门控卷积块（Gated CNN） 与 稀疏注意力块（Sparse Attention） 交替组成：

• 门控卷积块：
  • 使用 门控线性单元（GLU） 控制信息流，公式：
    Output = Conv1D ( X ) ⊗ σ (