bioconductor安装软件

最新推荐文章于 2024-08-16 13:13:20 发布

马志远的生信笔记

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分类专栏： R

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install.package()经常有软件出现版本问题而不能安装，不如试下bioconductor

sudo R #有时候会出现权限不够不能写入的问题，最后用sudo
source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
　　　　biocLite("readr")

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RNA-seq流程学习笔记（13）-Bioconductor相关软件的安装（持续更新）

垚垚爸的博客

06-11

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参考文章：因为我的服务器没有外网的原因，尝试了对R设置清华镜像源，可以下载R相关的包，但生物信息学分析会用到很多Bioconductor的软件，需要使用BiocManager软件，试了几次发现服务器中无法安装BiocManager软件，或者使用conda安装了后，在R中无法调用。清华镜像源也提供了Bioconductor的镜像源，说明如下： Bioconductor 镜像源配置文件之一是 .Rprofile (linux 下位于 ~/.Rprofile )。在文末添加如下语句: options(BioC

bioconductor_docker:用于生物导体的Docker容器-新功能！

03-20

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一站式解决R包安装的各种方法及常见问题（Bioconductor、github、手动安装等）

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08-16

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各种R包安装方式及各种安装问题解决

Bioconductor软件安装与升级

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1 安装工具Bioc的软件包不能使用直接install.packages函数，它有自己的安装工具，使用下面的代码： source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite() 上面第二个语句将安装Bioconductor一些基础软件包，包括BiocInstaller软件包，这是必需的。 2 软件包安装使用biocLite函数，如： biocLit...

R语言-安装bioconductor

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R语言安装bioconductor

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R语言中的Bioconductor是一个强大的生态系统，用于生物信息学的研究，它包含了大量的基因表达数据、软件工具和方法。如果你想要在R中安装Bioconductor，可以按照以下步骤操作： 1. **确保R已安装并更新**：首先，...

bioconductor：用于：bioconductor的源宇宙

02-28

Bioconductor是一个开源项目，专为生物信息学和计算生物学领域提供软件工具和服务。这个项目主要致力于管理和分析高通量生物数据，如基因表达、转录组学、蛋白质组学和单细胞测序数据。Bioconductor的核心在于其丰富...

rebook:用于rebook软件包的Bioconductor存储库的克隆

03-21

因此，“rebook:用于rebook软件包的Bioconductor存储库的克隆”可能意味着这个压缩包包含了rebook软件包的所有源代码，供开发者或研究者下载、安装和定制。 **文件名称列表：rebook-master** "rebook-master"可能...

bioconductor

07-24

本书是国内第一本系统介绍R语言及Bioconductor软件包的图书。Bioconductor的应用功能是以包的集成形式呈现在用户面前，它提供的软件包中包括各种基因组数据分析和注释工具，其中大多数工具对DNA微阵列或基因组芯片数据的处理、分析、注释及可视化的。

R语言安装包报错：package ‘EDASeq ’ is not available for Bioconductor version ‘3.15‘

Shermin_96的博客

11-13

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R: R package安装的几种方式

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Linux+conda+R+Rstudio下载安装环境全方面配置

生信小白一枚，欢迎大佬一起讨论分析前沿技术！

07-13

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Linux-conda环境的全方面配置，重点考虑了R/Rstudio的操作，小白都能够理解的简单操作。

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09-21

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如何安装R工具表bioconductor 很多时候，当我们做一些生物信息学方面的项目时，需要用到一些R包，如"org.Hs.eg.db"，“clusterProfiler”，'enrichplot’等，它们都是Bioconductor网站之下的R包。下面是我最近在学习中总结的一些方法，供大家参考和探讨，生信新人入坑，欢迎交流~ 方法1 直接在控制台输入命令 options(BioC_mirror=...

R包选择镜像以及本地安装

生物医学信息学博客

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1、bioconductor选择镜像：选用中科大镜像 PS：如果biocLite出错，重新打开R就好了 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") biocLite("methylKit") 2、本地源码安装包：源码

vim编辑R代码的实现：：：（R语言安装BIoconductor和BiocLite）：R在linux的安装

GRC

01-03

8131

在window下的安装很容易，大家都会，在linux下，如果手动编译安装还是有些麻烦的，特别是当报错的时候，还要找到报错的根源，所以我们安装的时候，如果有网络我们可以直接用命令， sudo yum install R 就可以了，当然要你先获取最高权限，输入密码。我们也可以用vim来编辑R代码，我们来看一下实现的形式。这里主要用的是一个vim的插件：http://www