CONDA安装qiime2

偶尔看到几个公众号说新的去噪算法处理扩增子数据，看来是时候舍弃旧的方法了。首先安装minconda，这个我们之前在安装qiime1的时候搞过了。然后设定路径

export PATH=~/miniconda2/bin:$PATH

安装起来好像也挺容易的

wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2018.8-py35-linux-conda.yml
conda env create -n qiime2-2018.8 --file qiime2-2018.8-py35-linux-conda.yml
# OPTIONAL CLEANUP
rm qiime2-2018.8-py35-linux-conda.yml

激活变量环境

source activate qiime2-2018.8

测试

qiime --help

官方的安装教程请看这里https://docs.qiime2.org/2018.8/install/native/#install-miniconda