生信工具 | TCGA数据分析工具GEPIA最新更新，用于免疫细胞浸润分析

GEPIA(http://gepia.cancer-pku.cn/index.html)这个工具可以说是分析TCGA数据库数据分析工具中比较简单好用的工具了，包括生存分析，表达差异分析，相关性分析等，现在，这个数据库又更新了新功能，那就是免疫细胞浸润评估，之前可能大家用TIMER2.0 (http://timer.cistrome.org/) 和CIBERSORT等工具，现在GEPIA也能做啦。我们先来看看一下。

在老版本首页右上角有入口，不过，目前应该还是在测试中。

进去后可以看见，该工具分析的流程图。方法是通过EPIC，其实，这个在TIMER2.0 中也有这个方法。

一.介绍

GEPIA(基因表达谱交互分析)是一个有价值和被高度引用的资源，用于基于TCGA和GTEx数据库中肿瘤和正常样本的基因表达分析。该工具提供了GEPIA2021，一个针对GEPIA的独立扩展，具有多重基于反卷积的分析。使用生物信息学工具EPIC将TCGA/GTEx中的每个样本工具解卷成7种细胞类型(B细胞、CD4 T细胞、CD8 T细胞、巨噬细胞、NK细胞、内皮细胞和癌症相关的成纤维细胞)。根据我们推断的每个RNA样本中的细胞比例，我们可以进行多个下游分析:

下面介绍一下怎么使用。

二.组分分析

用交互式箱线图可视化每个单元格类型的比例。用户可以对细胞类型或TCGA/GTEx子数据集之间的比例进行定量比较(ANOVA)。

根据你的研究，选择合适的数据集。点击plot就行啦。

然后会得到各种细胞组分的比例。

三.相关性分析

同时可视化两种细胞类型的比例。用户可以根据皮尔逊相关系数进行定量比较。

然后会得到2种免疫细胞的相关性结果图。

四.细胞类型表达水平分析

通过交互箱线图将选择的每个细胞类型的基因表达可视化，并进行细胞类型水平差异表达分析。与比例分析类似。

输入要分析的基因会得到该基因在所选肿瘤中，各种免疫细胞中的表达水平。

五.生存分析

根据选择的细胞类型或子表达比例将样本分为两组。然后用生存数据绘制各组的Kaplan-Meier曲线。曲线间的统计差异可以通过log-rank检验来测量。

上面就是该数据库更新的内容，在帮助页面中可以看到详细的文档、使用示例和常见的问题。以获得进一步的支持。如果觉得图片不好看，可以通过Plotly进行美化，在图形结果的右上角。