Amber&pdb4amber | 准备PDB文件

pdb4amber

为tleap程序调整从外部获得的PDB文件

pdb4amber A program to prepares PDB files for use in LEaP.
generally helps in preparing pdb-format files coming from other places (such as rcsb.org) to be compatible with LEaP.

PDB文件中唯一需要或有用的数据来设置AMBER模拟是：原子名称，残基名称，也许还有链标识符（如果存在多条链），以及重原子的坐标。除非加载额外的文库，否则非蛋白质结构（特别是低分子量配体）会引起问题；如果它们在PDB文件中的名称对应于AMBER库中的内部名称，则通常会识别水和单原子离子。

pdb4amber [-h] [-i FILE] [-o FILE] [-y] [-d] <