trimmomatic对fastq质控

trimmomatic处理Illumina 平台产生的fastq数据，支持 fastq以及gzip 和 bzip2 压缩文件。

1. 处理PE数据

trimmomatic PE test_read1.fq test_read2.fq \
               -phred33 \
               out_read1.fq test_read1_unpaired.fq  \
               out_read2.fq test_read2_unpaired.fq \
               ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10:8:TRUE \
               LEADING:3 TRAILING:3 \
               SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

   参数说明：

test_read1.fq test_read2.fq -- 输入文件read1 和 read2 ，可以是gzip 和 bzip2 压缩文件。
-phred33 -- 质量体系，可以不写，程序自动推测。

out_read1.fq test_read1_unpaired.fq -- read1处理后的read和不配对的read

out_read2.fq test_read2_unpaired.fq  -- read2处理后的read和不配对的read

ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10:8:TRUE --

 - TruSeq3-PE.fa  fasta格式的接头序列文件，不写路径，默认在trimmomatic(带版本号)/adapters 下，可以根据建库情况自定义接头序列。

 - ":2"  # <seed mismatches>是将接头序列的一段(不超过16bp)作为seed，与reads进行比对，能够容忍的最大错配(mismatch)数，这里是最多2个错配

 - ":30"  # <palindrome clip threshold>是 a-R1, a-R2的比对分值阈值，达到阈值，才进行切除，这里设置阈值为30（大约比对50bp碱基）

 - ":10"  # <simple clip threshold>是任意(接头)序列与read比对最低分阈值，大于这个阈值，才进行切除，这里设置阈值为10（大约比对17bp碱基）

 - ":8"  # <minAdapterLength>只作用于Palindrome模式，是设置检测到接头序列的最小长度（默认为8，甚至可设置为1）

 - ":true"  # <keepBothReads>只作用于palindrome模式，是设置是否保留反向链，这里是说去除接头序列后，由于正反链包含相同的序列信息(尽管序列是反向互补的)，默认情况(":false")下会去除反向链，设置为":True"则保留反向链

LEADING:3--  从 reads 的起始端开始切除质量值低于3（设定的阈值）的碱基，直到有一个碱基其质量值达到阈值。

       Q = -10 *log10(P)  Q质量分数 ，Q+33值 （十进制）转化为对应的ASCII码字母或者字符，         就是phred33质量体系，P： 错误率， Q = 3  得到 P（错误率）大概为50%

TRAILING:3 --从 reads 的末端开始切除质量值低于3（设定阈值）的碱基，直到有一个碱基质量值达到阈值。

 SLIDINGWINDOW:4:15 -- 滑窗剪切，从read 5‘锻扫描寻找切点，设置 4bp 窗口，碱基平均质量低于15（阈值）就被切除。

MINLEN:36-- 去掉处理后短于36的序列。

2. 处理SE数据

trimmomatic SE -phred33 test.fastq test_trim.fastq ILLUMINACLIP:TruSeq3-SE:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

Usage:

       PE [-version] [-threads <threads>] [-phred33|-phred64] [-trimlog <trimLogFile>] [-summary <statsSummaryFile>] [-quiet] [-validatePairs] [-basein <inputBase> | <inputFile1> <inputFile2>] [-baseout <outputBase> | <outputFile1P> <outputFile1U> <outputFile2P> <outputFile2U>] <trimmer1>...

   or:

       SE [-version] [-threads <threads>] [-phred33|-phred64] [-trimlog <trimLogFile>] [-summary <statsSummaryFile>] [-quiet] <inputFile> <outputFile> <trimmer1>...

reference:

http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic