转载：值得我们深思的RNAseq分析策略 FPKM/RPKM?还能用吗？(不过我还没看明白，我统计学比较差)

【干货】这么说，FPKM和RPKM真的是错的咯？！——关于FPKM/RPKM的深度反思（请各位点击收藏，自己保存为pdf格式，本地查看永久有效，上次看过这篇文章，后来自己查找就是忘了，忽然又发现了，赶紧记载下来。）

但是FPKM，RPKM，TPM还是不够完美，于是乎，量化因子 (size factor, SF)是由DESeq提出的。其方法是首先计算每个基因在所有样品中表达的几何平均值。每个细胞的量化因子(size factor)是所有基因与其在所有样品中的表达值的几何平均值的比值的中位数。由于几何平均值的使用，只有在所有样品中表达都不为0的基因才能用来计算。这一方法又被称为 RLE (relative log expression)。