tRNAscan-SE:预测基因组上的tRNA基因

最新推荐文章于 2024-06-18 11:02:45 发布
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tRNAscan-SE是一款强大的tRNA预测工具，支持多种类型的基因组，如真核、细菌、古菌及线粒体。用户可以通过其官网进行在线预测，输入FASTA序列并选择物种类型，获取包括tRNA基因列表、类型、二级结构等详细信息。此外，工具还提供了命令行版本，需要设置环境变量和依赖项，以确保本地运行。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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tRNAscan是一款tRNA预测工具，支持不同类型基因组的tRNA预测，包括以下四种类型

  1. eukaryotic tRNAs

  2. bacterial tRNAs

  3. archaeal tRNAs

  4. mitochondrial tRNAs

官网链接如下

http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/index.html

官网提供了在线服务，如下图所示，只需要输入fasta 格式的序列，选择对应的物种类型和其他的一些选项，点击运行按钮即可

输出结果分为以下几个部分

1. 预测的tRNA基因列表

表头解释如下：
Sequence Name : 输入的用于预测tRNA的序列名称
tRNA : 预测到的tRNA的个数
Predicted tRNA Structure :  预测到的tRNA二级结构
Similar tRNA in GtRNAdb  ： 在GtRNAdb 数据库中的相似的tRNA
tRNA Begin :  tRNA基因的起始位置
tRNA End : tRNA 基因的终止位置
tRNA Type :  tRNA 的类

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tRNAscan-SE-2.0：安装尝试
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参照大佬的尝试一下在下面网站看最新的安装包。
tRNAscan-SE
weixin_33694620的博客
06-25 1469
tRNAscan-SE是一款可以在基因组上扫描tRNA的序列，也就是说你给定一组基因序列（fasta数据格式），可以用这个软件去预测这个序列是不是tRNA.具体的实现原理，我不搞生物，所以也就不太明白。tRNAscan-SE是在linux下运行的。 tRNAscan-SE有两种使用方法。 1）tRNAscan-SE的网页版（http://lowelab.ucsc.edu/t...
利用tRNAscan-SE做tRNA分析
qq_50637636的博客
08-31 2747
1.从官网(http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/)下载tRNAscan-SE wget http://trna.ucsc.edu/software/trnascan-se-2.0.9.tar.gz 2.解压 gunzip trnascan-se-2.0.9.tar.gz tar -vxf trnascan-se-2.0.9.tar.gz
tRNAscan-SE 预测tRNA基因
weixin_34161032的博客
06-29 1470
tRNAscan-SE 软件可以根据输入的基因组序列，预测对应的tRNA的基因 在线的tRNAscan-SE的链接如下：http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/ 如下图所示，只需要输入fasta 格式的序列，选择对应的物种类型和其他的一些选项，点击运行按钮即可 结果界面如下： 首先是预测的tRNA基因  表头解释如下： Sequence Name : 输入的用于...
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