利用tRNAscan-SE做tRNA分析

1 软件简介

  tRNAscan-SE是整合了tRNAscan、EufindRNA和Cove三个独立的tRNA检测软件的一个Perl脚本程序，能在基因组水平上进行tRNA扫描。它首先调用tRNAscan和EufindRNA鉴定基因组序列中的tRNA区域，然后调用Cove进行验证。搜索速度快、敏感性高且假阳性率低。

2 下载安装

2.1 编译安装

1.从官网(http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/)下载tRNAscan-SE

 wget http://trna.ucsc.edu/software/trnascan-se-2.0.9.tar.gz

2.解压

gunzip trnascan-se-2.0.9.tar.gz
tar -vxf trnascan-se-2.0.9.tar

#注：在解压的第一步出现下面的问题，需要先将trnascan-se下载到自己的电脑上，再通过winscp传输到服务器上。

gzip: trnascan-se-2.0.9.tar.gz: not in gzip format