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随着lncRNA研究的发展,lncRNA的数量越来越多,但是拥有功能注释的lncRNA只占了其中很小一部分。为了更好的开展lncRNA的功能研究,科学家收集文献中人类lncRNA相关的数据,包括了表达量,相关疾病,甲基化位点,SNP位点,功能描述等信息,并整理成了数据库LncBook, 网址如下
http://bigd.big.ac.cn/lncbook/index
该数据库中包含以下8种lncRNA相关信息
1. LncRNAs
共包含277044个lncRNA, 既有实验验证的lncRNA,也有软件预测的lncRNA,收集了来自Gencode
, RefSeq
, Noncode
, Lncipedia
, MiTranscriptome
等数据库中的lncRNA, 在预测lncRNA时,采用了CPAT
, PLEK
, LGC
3个软件结果的交集。
这部分提供lncRNA的ID, 染色体位置,长度,外显子个数,类型等基本信息,示意如下