ONGene:基于文献检索的肿瘤基因数据库

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OnGene是一个肿瘤基因的数据库，通过文献检索的方式获得了803个肿瘤基因，文章的链接如下

http://dx.doi.org/10.1016/j.jgg.2016.12.004

数据库网址如下

http://ongene.bioinfo-minzhao.org/index.html

数据库构建的pipeline如下图所示

首先在pubmed中用以下几个关键词进行检索

1. oncogene

2. oncogenic

3. oncoprotein

4. proto-oncogene

得到候选的17033篇文献，然后从long non-coding RNA和oncogene两个关键词检索，得到435篇文献。另外又从oncomirdb和miRCancer数据库中得到肿瘤相关的miRNA。

对以上得到的文献进行人工核对，最终筛选得到了803个有文献支持的肿瘤基因，并对这些基因进行了以下几种数据分析

1. 功能注释，提供了基因名称，参与的通路，相关疾病等注释信息

2. 差异分析，利用TCGA中的表达谱数据，进行肿瘤和正常样本的差异分析

3. 与lncRNA的共表达分析，利用MiTransc