PLEK:转录本蛋白编码潜能预测工具

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在之前的文章中，我们介绍过CPC和CNCI这两款软件，可以用于预测lncRNA序列。其中CPC基于序列比对的方式，对于注释信息相对全面的物种分类效果较好，但是运行速度相对较慢，CNCI基于序列的三联体碱基组成来区分编码和非编码转录本，对于注释信息缺乏的物种，效果也不错，但是当序列中存在插入缺失时，其分类效果就变得很差。

在高通量测序产生的数据中，会存在一定的测序错误，虽然比例很低，但是基于这样的序列组装得到转录本然后去预测lncRNA, 对于CNCI这个软件而言，就会造成相当大的影响。

为了克服上述问题，需要一款运行速度又快，又可以一定程度上降低测序错误影响的lncRNA预测软件，PLEK软件就是基于这样的出发点进行开发的。PLEK软件通过序列的kmer构成来区分编码和非编码转录本，不需要通过比对来完成，所以运行速度较快，同时其性能受到测序错误的影响的概率较低，比较稳定。

在论文中，开发者评估了测序错误对各个软件准确度的影响，结果如下所示

可以看到，随着测序错误比例的上升，CNCI的准确度急剧下降，而PLEK和C