Cistrome DB:人和小鼠的chip_seq数据库

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Cistrome的目标是提供一个基因组顺式作用元件分析的综合性数据库，通过收集来自GEO,ENCODE等公共数据库中的chip_seq,  DNase_seq, ATAC_seq 原始数据，采用统一的分析方法，用bwa比对参考基因组，然后采用macs2进行peak calling, 将分析的结果加以整合，做成了在线数据库，整个数据库的构建过程和功能模块示意如下

网址如下

http://cistrome.org/db/

该数据库中收录的人和小鼠的相关数据汇总如下

从数量来看，cistrome可以说的上是收录的chip类型最多的数据库了。

通过首页的检索工具，我们可以查看特定数据分析结果，可以通过关键词检索，也可以通过物种，来源，因子类型一步步限定搜索范围，示意如下

在检索结果中勾选感兴趣的数据集，可以查看详细信息，以一个CTCF转录因子的chip数据为例，结果包含以下几个部分

1. QC  report

数据的QC情况，包括unique mapping比例，PBC, FRiP, peak在exon等基因组区域的分布比例等，示意如下

2. motif

motif分析结果，示意如下

点击每个motif的编号，可以查看详细信息，示意如下

3. putative  target gene

潜在的靶基因，示意如下

同时还可以在基因组浏览器中查看数据的分布，也可以下载分析的结果文件，示意如下

ToolKit菜单则提供了更加丰富的分析工具，具体如下

1. 输入基因名称， 查看有哪些转录因子可能调控该基因

2. 输入基因组区域，查看有哪些转录因子可能结合在该区域

3. 输入peak结果，查看哪些转录因子的结果与你的输入结果有明显的overlap,可以用于转录因子的colocation分析

以第一个功能为例，输入基因，确定TSS上下游的范围作为潜在的调控区域，然后提交运行即可

除了table格式的结果外，还提供了图片形式的结果展现，示意如下

更多功能的用法和结果展示请移步官网自行探究。Cistrome DB是最为全面的人和小鼠的chip_seq数据库之一，通过该数据库，可以方便的分析和挖掘基因和转录因子的调控关系。

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