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ReMap收集来自GEO和Encode项目中人的chip_seq数据,对来自不同细胞系,不同类别转录因子的数据进行归类整理,网址如下
http://tagc.univ-mrs.fr/remap/index.php
在该数据库中,提供了两种数据查看的方式,分别以转录因子和细胞类型为中心,以转录因子为中心的结果示意如下
点击每个转录因子,可以查看以下信息
1. 基本信息
包括转录因子的分类,对应的基因和蛋白数据库的链接等信息,示意如下
2. peak分析结果
对于该转录因子相关的数据集,提供了peak结果的下载,基因组浏览器可视化等功能,示意如下
以细胞类型为中心的结果示意如下
除了查看各种转录因子的chip_seq分析结果外,官网还提供了一个注释工具,用于Enrichment分析。上传自己的peak文件,与数据库中已有的转录因子的peak区间进行比较,分析在上传的peak区域中富集了哪些转录因子,用法示意如下
上传BED
格式的peak文件即可,在输出结果中,会给出可能富集的转录因子,图示如下
首先计算上传的peak区间与数据库中转录因子的peak区间overlap的个数,同时用随机抽样的方式从上传的peak区间中进行抽样,计算抽样结果与数据库中peak的overlap个数,通过比较实际overlap与随机抽样的overlap个数,计算Evalue值,对应的表格数据如下
通过ReMap, 一方面可以检索和下载转录因子的peak结果文件,另一方面,可以进行转录因子富集分析。
·end·
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