Hi-C Data Browser:Hi-C数据浏览器

最新推荐文章于 2023-01-04 20:37:34 发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079512
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本文介绍了Hi-C数据浏览器，一个专门用于检索和查看人淋巴母细胞三维结构数据的在线工具。用户可以选择不同细胞系、染色体、分辨率和数据类型，观察染色体间交互图谱，进行细节分析并下载交互矩阵，从而深入理解Hi-C实验揭示的基因组折叠原则。
摘要由CSDN通过智能技术生成

欢迎关注”生信修炼手册”!

Lieberman-Aiden等人利用Hi-C技术研究了人淋巴母细胞的三维结构，首次提出了A/B compartment的概念，文章发表在science上，标题如下

Comprehensive Mapping of Long-Range Interactions Reveals Folding Principles of the Human Genome

pubmed的链接如下

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2858594/

对于该文章中涉及到的hi-c数据，专门开发了一个网站用于检索和查看，网址如下

http://hic.umassmed.edu/heatmap/heatmap.php

通过顶部下拉框，选择不同的数据库进行查看，示意如下

cell line用于选择细胞系，提供了K562和GM06690两种细胞系的数据，x-axis和y-axis用于选择需要展示的染色体名称，Resolution指定分辨率，Data Type指定数据类型，是归一化之后的数据还是原始数据，或者是相关性的结果，Color Range指定颜色的映射

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