UCSC Xena:癌症基因组学数据分析平台

UCSC Xena是一个专注于癌症基因组学的数据分析平台,提供TCGA和ICGC等项目的数据可视化和分析,支持SNV/indel、SV、CNV等多种组学数据类型。用户可以安全地上传和分析自己的数据,同时可下载整理后的公共数据集,便于进一步的生物信息学研究。平台还具备多组学数据展示和生存分析功能,配有详尽的帮助文档和示例。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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UCSC Xena是一个癌症基因组学数据分析平台,支持对癌症样本的多种组学数据进行可视化和分析,网址如下

https://xenabrowser.net/

该平台内置了一些公共数据集,比如来自TCGA,  ICGC等大型癌症研究项目的数据,不仅可以对数据进行分析,而且还提供了对应文件的下载功能。同时还支持对自己的数据进行分析,而且保证了数据的安全性,不用担心上传之后被别的用户窃取到。

支持下列多种类型数据的展示

  1. snv/indel

  2. SV

  3. CNV

  4. gene/transcript/protein expression

  5. DNA methylation

  6. ATAC-seq signals

  7. phenotypic/clinical/sample annotations

内置数据集的下载链接如下

https://xenabrowser.net/datapages/

包含了下图所示的多种来源的数据集

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