使用TCGAbiolinks进行甲基化和转录组数据的联合分析

最新推荐文章于 2023-09-22 15:07:16 发布
VIP文章 最新推荐文章于 2023-09-22 15:07:16 发布
阅读量2.4k 收藏 27
点赞数 1
文章标签： 可视化 数据可视化 编程语言 python 数据分析
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079543
版权

欢迎关注”生信修炼手册”!

DNA甲基化作为表观遗传的一种重要标记，在基因表达调控中发挥重要作用，已有研究表明，位于启动子区的甲基化会抑制基因表达。结合甲基化数据和基因表达谱数据，可以更好的分析甲基化的调控功能。

通过TCGAbiolinks不仅仅可以对某种类型的数据进行分析，还可以进行多组学数据的联合分析，DNA甲基化和基因表达谱数据的联合分析过程如下

1. 甲基化芯片数据

以肾上腺皮质癌为例，首先从TCGA数据库下载450K甲基化芯片的数据，分析后得到差异甲基化位点

差异甲基化位点的火山图结果如下

2. 基因表达谱数据

首先下载数据

最低0.47元/天 解锁文章
生信修炼手册
关注
  • 1
    点赞
  • 踩
  • 27
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 1
    评论
TCGAbiolinks：TCGAbiolinks
02-05
TCGAbiolinks：TCGAbiolinks
易基因｜DNA甲基化和转录组联合揭示代际遗传对高龄产妇的影响 | 表观遗传研究
E_gene的博客
09-29 894
本研究对核心家庭的转录组（mRNA-seq）和DNA甲基化组（RRBS）进行了综合分析，揭示了DNA甲基化组和转录组中AMA相关变化的代际遗传潜在现象。（C） 图2(I)中鉴定的MK-common DMR和FK-common DMR代际和非代际相关差异甲基化区域（DMR）数量，图3(C)中的MK-common DEG代际和非代际关联DEG数量。（A-B）母系（A）和子代（B）的AMA组和Young组之间比较的p值和基因表达水平倍数变化火山图。红点和蓝点代表AMA组和Young组之间的上调和下调DEG；
2018-转录组数据分析和方法学
07-23
2018-转录组数据分析和方法学
seaurchinupwelling:BI 586海胆甲基化组和转录组对上升流条件的响应
03-28
海胆上升 BI 586海胆甲基化组和转录组对上升流条件的响应
methyl.O:差异甲基化区域分析
03-30
注释，评分和可视化差异甲基化区域 文档和联系方式 介绍 在过去的几年中，新一代测序技术适应表观遗传学研究，彻底改变了研究DNA甲基化状态的能力。 尽管新技术的发展以及对表观基因组学的兴趣日益浓厚，但可用工具的面貌并未为注释提供广泛的可能性。 在这里，我们介绍了methyl.O，R软件包和专注于甲基化分析的在线工具。 尽管实用的用户界面使非生物信息用户受益，但R包允许经验丰富的人员执行甲基化分析，并对参数进行更深入的控制。 用户界面也可以通过R在本地运行，以方便进行初步分析并轻松可视化数据分布和甲基化的基因区域。 methyl.O结果的特殊性是受甲基化影响最大的基因的排名列表，根据可用数据库，该基因最涉及病理。 排名列表表明该基因应侧重于了解甲基化作用并考虑进行进一步分析。 此外，当提供表达谱时，methyl.O允许将转录组学与甲基化组进行比较，以更深入地了解所产生的表型。 基于Enrich
TCGAbiolinks的使用
热门推荐
Jagger_Lin的博客
02-17 1万+
一、介绍 TCGAbiolinks is able to access The National Cancer Institute (NCI) Genomic Data Commons (GDC) thorough itsGDC Application Programming Interface (API) to search, download and prepare relevant data...
TCGAbiolinks整理表达数据和临床数据
sayhello1025的博客
06-10 6097
TCGA 表达数据和临床数据
使用TCGAbiolinks下载TCGA的数据
庐州月光的博客
06-16 1261
欢迎关注”生信修炼手册”!TCGAbiolinks是一个分析处理TCGA数据的R包，通过GDC API来查询和下载TCGA的数据，同时提供了差异分析，生存分析，富集分析等常见的分析功能，...
R语言 生信 TCGA准备，TCGAbiolinks包安装存在的问题
aydayUP111的博客
09-22 2179
这是或许需要重启Rstudio就可以成功安装之前删除的dbplyr以及data.table这两个包了。这里按照R提示的把相应的包删除，我要删除的是dbplyr,data.table这两个包。三个R包：TCGAbiolinks，RTCGA，gdcRNAtools。若显示版本，则下载成功，之后可能出现再Rstudio里不显示的问题。删除后再加载TCGAbiolinks就会再R包界面出现该包了。不过我目前加载TCGAbiolinks时依然会有提示说。方便平台：Xena，第三方处理的，可能存在更新不及时。
TCGAbiolinks包下载TCGA数据
qq_27390023的博客
01-06 3074
​​​​​​Bioconductor的TCGAbiolinks包用于GDC数据综合分析的R/Bioconductor软件包，本文主要展示下载数据集和代码。 1. 包的加载 # if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) # install.packages("BiocManager") # # BiocManager::install("TCGAbiolinks") library(TCGAbiolinks) library(...
基因功能区域的DNA甲基化分析
03-25
基于人类9种细胞系和15种组织的单碱基精度的甲基化数据，计算了基因范围六个功能区域（转录起始区域、第一外显子、中间外显子、最后外显子、内含子和转录终止区域）的甲基化水平，分析了各功能区域甲基化的分布．采用离散增量和欧式距离两类参数分别计算了细胞系和组织间的基因的甲基化差异，并对具有较高差异水平的前20个基因在六类细胞系的表达进行了分析．
组蛋白修饰和DNA甲基化关系的研究进展
02-18
组蛋白修饰和DNA甲基化关系的研究进展，夏荣辉，李江，组蛋白修饰和DNA甲基化在基因转录调节方面有重要作用。最近研究较多的是多种组蛋白修饰方式和DNA甲基化在基因沉默方面的共同作用，
零基础入门转录组分析-数据处理（GEO数据库-芯片数据）配套资源
04-24
零基础入门转录组分析——数据处理（GEO数据库——芯片数据） https://blog.csdn.net/weixin_49878699/article/details/135436066 教程对应的原始文件+代码+处理好的数据
零基础入门转录组分析-数据处理（GEO数据库-高通量测序数据）配套资源
最新发布
04-24
零基础入门转录组分析——数据处理（GEO数据库——高通量测序数据） https://blog.csdn.net/weixin_49878699/article/details/136032388 教程配套的原始数据+代码+处理好的数据文件 已验证可以从头到尾正常运行，可...
转录组-芯片数据联合分析鉴定鼻咽癌发生潜在关键信号通路和调节基因.pdf
07-26
转录组-芯片数据联合分析鉴定鼻咽癌发生潜在关键信号通路和调节基因.pdf
剑桥大学2018年单细胞转录组分析教程
08-16
剑桥大学2018年单细胞转录组分析教程，包含数据过滤、序列比对、差异基因计算等R语言包、代码
云计算-基于转录组测序数据计算识别RNA编辑位点和可变剪接事件.pdf
07-02
云计算-基于转录组测序数据计算识别RNA编辑位点和可变剪接事件.pdf
人工智能-数据分析-基于二代测序的转录组数据分析方法的比较研究.pdf
07-02
人工智能-数据分析-基于二代测序的转录组数据分析方法的比较研究.pdf
转录组数据分析培训班.ppt
10-08
转录组数据分析培训班.ppt
转录组学和影像组学联合分析流程
06-08
转录组学和影像组学联合分析的流程一般可以分为以下几个步骤： 1. 数据采集和预处理：首先需要采集病人的影像数据和组织样本，然后对影像和转录组数据进行预处理，例如影像数据可以进行去噪、配准等处理，转录组数据可以进行质控、过滤等处理。 2. 影像和转录组数据的整合：将预处理后的影像和转录组数据整合起来，例如将转录组数据映射到影像数据的空间中，或者将影像数据的信息用于指导转录组数据的分析。 3. 特征提取和分析：从整合后的数据中提取特征，例如从转录组数据中提取基因表达水平、通路分析等特征，从影像数据中提取形态特征、纹理特征等。然后将这些特征进行分析，例如进行聚类、分类、回归等分析。 4. 结果可视化和解释：将分析得到的结果进行可视化，例如使用热图、散点图等方式展示分析结果，然后对结果进行解释，例如解释不同基因表达水平与影像特征之间的关系，或者解释疾病的分子机制和影像学表现之间的联系。 5. 验证和应用：最后需要对分析结果进行验证和应用，例如使用独立数据集验证分析结果的可靠性，或者应用分析结果指导疾病的诊断和治疗。 需要注意的是，不同的疾病和研究问题可能需要不同的联合分析流程，因此具体的流程可能会有所不同。

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值