使用TCGAbiolinks下载TCGA的数据

最新推荐文章于 2024-05-28 19:05:41 发布
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本文介绍了如何使用TCGAbiolinks R包查询和下载TCGA数据，包括设置查询参数、查看查询结果以及下载后的数据整理。该包提供了差异分析、生存分析等功能，并详细展示了数据下载和整合的过程。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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TCGAbiolinks是一个分析处理TCGA数据的R包，通过GDC API来查询和下载TCGA的数据，同时提供了差异分析，生存分析，富集分析等常见的分析功能，网址如下

http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/TCGAbiolinks.html

这个R包的基本用法如下

1. Query

和在线查询类似，只不过是将网页上的各种可选的属性变成了对应的参数，基本用法如下所示

以project为核心进行查询, 其他参数用来对数据进行过滤，常用的有以下几个参数

  1. datga.category

  2. data.type

  3. workflow.type

  4. experimental.strategy

  5. platform

  6. access

以上参数和和网页上的的各项选择菜单相对应，示意如下

除此之外，还有几个重要参数，legacy参数的默认值为FALSE,表示从harmonized database进行查

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