KEGG数据库，除了pathway你还知道哪些

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KEGG称之为京都基因组百科全书，作为一个综合型的数据库，和NCBI类似，它也是有各个子数据库构成的，本文作为一个合集，整理了之前推送的KEGG数据库相关的文章

• KEGG Orthology 数据库简介

• KEGG Brite 数据库

• KEGG Module 数据库

• KEGG COMPOUND 数据库

• KEGG Enzyme 数据库

• KEGG Reaction 数据库

• KEGG Disease 数据库

• KEGG Network 数据库

• KEGG Drug 数据库

• KEGG Genome 数据库

• KEGG Genes 数据库

• KEGG Glycan 数据库

• KEGG pathway 数据库

对于大型数据库而言，除了在线检索外，通常也会提供API, 方便批量查询与下载，KEGG数据库API的用法详见以下链接

• KEGG API 用法详解上篇

• KEGG API 用法详解下篇
  

pathway作为KEGG中应用最为广泛的数据库，除了查询与检索，还有很多使用的小技巧

• color pathway 使用指南 : 在通路图中标记基因

• KGML 文件: pathway 信息更加直观的存储方式

• KEGGgraph : 根据kgml 文件从pathway中重构出基因互作网络

类似KEGG这样的数据库，其实就是一个大的宝藏，有很多值得深入学习和挖掘的地方。不仅需要理解整个数据库的拓扑结构，还需要掌握数据库中存储的核心信息，这样才能够做到灵活的运用。

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