微生信在线绘制KEGG Pathway通路分类汇总图

KEGG Pathway分析是文献中几乎必备的一项功能分析。在pathway富集分析中，我们一般关注的是输入基因富集到哪些通路，但是殊不知，这些通路还可以进行分类汇总。

在KEGG官网（KEGG PATHWAY Database）中，将通路分成了7类：

1. Metabolism  （代谢）
2. Genetic Information Processing （遗传信息处理）
3. Environmental Information Processing （环境信息处理）
4. Cellular Processes （细胞过程）
5. Organismal Systems （生物系统）
6. Human Diseases （人类疾病）
7. Drug Development （药物开发）

每一类又包含若干个子类，每个子类包含了若干个pathway。因此与gene ontology类似，我们可以根据上面的6类（一般不包括最后一个“药物开发”）将pathway分类汇总，做出一个分类汇总图，这样可以在更上一层级研究pathway。主要应用于特殊物种的denovo测序注释，也可以应用于我们常规的pathway富集分析。

页面列出了几百个通路的所属关系，手工查询耗时耗力。微生信平台根据这些所属关系，开发了一个pathway分类在线绘图页面。我们来看看吧！

 

Pathway分类汇总例图

让我们一步一步来看这个图的做法！

1，打开绘图页面链接

微生信-免费在线绘制pathway富集结果分类图

Pathway富集结果分类图页面

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2，整理输入数据，并粘贴

我们以clusterprofiler结果为例，获得的kegg富集结果如下：

Pathway富集结果

我们将标黄的两贴单独拎出来，粘贴到页面输入框中

粘贴数据

3，选择参数，提交

参数主要包括字体大小和颜色，可以选择每一个大类的颜色。

参数和颜色

4，调整及出图

提交后约3s钟，会在右侧出图。

结果图片

可以看出，我们这个数据集中有两个通路的名字跟官网的不一样，要自己搜索，并修改数据，重新提交。

例如，经过查询，我们把

Chagas disease (American trypanosomiasis) 改成 Chagas disease

Cell adhesion molecules (CAMs) 改成Cell adhesion molecules

然后重新提交，即可出来最终的图。并且我们提供了4种格式图片供下载，包括两种矢量图（SVG和PDF）和两种标量图（PNG和tiff）。其中矢量图可以使用AI或者inkscape根据自己的喜欢进行编辑调整。

是不是很简单方便呢？赶紧来试试吧！