关于GSEA的几点补充说明

最新推荐文章于 2022-06-11 08:28:28 发布
最新推荐文章于 2022-06-11 08:28:28 发布
阅读量6.3k 收藏 5
点赞数 1
分类专栏： 转录组 文章标签： GSEA 基因集富集分析
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/83745281
版权

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!

之前的文章中介绍了GSEA软件的使用和结果解读，但是有几点漏掉了，在本文中补充一下。

首先是Leading Edge对应的3个统计量，示例如下
在这里插入图片描述
在富集结果的表格中，最后一列为LEADING EDGE, 在这一栏中，包含以下3个统计量

  1. tags
  2. list
  3. signal

对于一个基因集而言，定义其中对Enrichment score贡献最大的基因为核心基因，也称之为leading edge subset, 参考下图

在这里插入图片描述
对于Enrichment score为正数的基因集而言，其核心基因是峰值之前的基因，对于Enrichment score为负数的基因集而言，其核心基因是峰值之后的基因。

tags表示核心基因占该基因集基因总数的比例，而list表示核心基因占所有基因总数的比例，signal利用这两个指标计算得到，公式如下

最低0.47元/天 解锁文章
生信修炼手册
关注
  • 1
    点赞
  • 踩
  • 5
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 2
    评论
专栏目录
GSEA分析结果详细解读
庐州月光的博客
11-05 11万+
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 在解读传统的富集分析结果时，经常会有这样的疑问，一个富集到的通路下，既有上调差异基因，也有下调差异基因，那么这条通路总体的表现形式究竟是怎样呢，是被抑制还是激活？或者更直观点说，这条通路下的基因表达水平在实验处理后是上升了呢，还是下降了呢？ 在这里我说下自己的观点，在传统的富集分析时，我们只需要一个差异基因的列表，根本不关心这个差异基因究竟是上调还是下调。这是...
基因富集分析 GSEA for time-course
weixin_40739969的博客
09-17 3285
基因富集分析（Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）是一种针对全基因组表达谱芯片数据的分析方法，将基因与预定义的基因集进行比较。即综合现有的对基因的定位、性质、功能、生物学意义等信息基础，构建一个分子标签数据库，在此数据库中将已知基因按照染色体位置、已建立基因集、模序、肿瘤相关基因集和GO基因集等多个功能基因集进行分组与归类。通过分析基因表达谱数据，了解它们在特定的功...
「nature protocols」组学数据的通路富集分析和可视化: g:Profiler, GSEA, Cytoscape 和 EnrichmentMap...
xuzhougeng blog
01-25 4296
nature protocols上发了一篇文章，题目为"Pathway enrichment analysis and visualization of omics data using g:Profiler, GSEA, Cytoscape and EnrichmentMap", 手把手将哪些只会实验的人如何通过点击鼠标的方式学会通路分析，挖掘他们高通量测序结果，包括转录组, 基...
基因集富集分析(GSEA)
lazysnake666的博客
06-11 1万+
GSEA简介首先简单介绍一下GSEA，它是2005年在PNAS上发扬光大的方法，沿用至今，目的是看差异表达的基因在哪些基因集中富集。相比于Over-representation只关注显著差异表达的基因，GSEA分析纳入所有基因，将一些微弱但不显著的效应考虑在内。假设做了AHBA的10000个基因表达和大脑表征相关，其中300个基因经过检验是显著相关的，ORA富集分析这30...
一文掌握GSEA富集分析-最详细教程
热门推荐
悟道西方
04-26 5万+
之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》，大略介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等，不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念。 最近用自己数据实战分析时用到了该方法，故将一些之前遗漏的点补充整理出来分享给大家。 从前文中我们了解到GSEA分析的目的是要判断S集基因（基于先验知识的基因注释信息）中的基因是随机分布还是聚集...
GSEA_Win_4.0.2-installer.exe
10-21
第二行：以#开始，tab键分割，分组信息（有几个分组便写几个，多个分组在比较分析时，后面需要选择待比较的任意2组）；（样品分组中NGT表示正常耐糖者，DMT表示糖尿病患者，自己使用时替换为自己的分组名字） 第三行...
数据挖掘 gsea-3.0.jar
06-06
数据挖掘 gsea-3.0.jar
gsea:用于基因组富集分析的R包
05-20
盖西 用于基因组富集分析的R包
GSEA软件使用教程.pdf
10-08
《GSEA软件与Molecular Signatures Database (MSigDB)详解》 GSEA（基因集富集分析）软件是一款在生物学研究中广泛使用的工具，它主要用于解析大规模基因表达数据，揭示其中潜在的生物学意义。Molecular Signatures...
gseaCondenser:压缩GSEA条款
04-19
gseaCondenser 软件包旨在更好地概述GSEA。 目录：安装从git仓库安装软件包： devtools :: install_github( " nicolash2/ggbrace " )浓缩GSEA condenseGsea采用data.frame，该数据框必须具有一个带有基因的列。 这些...
生信入门（一）——DESeq2差异基因分析
羊羊的博客
09-17 1万+
生信（一）——DESeq2差异基因分析 文章目录生信（一）——DESeq2差异基因分析一、差异基因分析原理二、代码实现1、前提：安装DESeq2包2.代码实现三、小结 记录学习过程，共勉。 一、差异基因分析原理 详见 二、代码实现 1、前提：安装DESeq2包 2.代码实现 setwd("D:\\RData");#设置编码位置 rt<-read.table("GSE149549_mRNA_Expression_Summary.txt",head=TRUE,row.names = 1) head(r
gsea富集分析结果怎么看_使用GSEA软件进行基因集富集分析
weixin_39720662的博客
11-30 3212
本文希望帮助大家快速使用GSEA软件进行基因集富集分析，如果希望了解GSEA分析原理话，可以看之前的文章使用clusterProfiler包进行富集分析。GSEA软件的使用可以分为以下四个步骤：数据的准备表达矩阵表型文件导入数据运行GSEA查看结果下面以GEO芯片数据集(GSE7476)为例，一步步演示GSEA软件的使用。该数据集来自GPL570芯片平台，共有12个样本，包括9个肿瘤膀胱...
cytoscape安装java_搭建java环境——安装GSEA和Cytoscape
weixin_34282589的博客
02-13 1654
GSEA和Cytoscape的安装都需要java环境，所以首先要搭建好java环境。在搭建java环境之前新建一个虚拟环境，将java环境与外部环境隔绝起来。我使用的是conda建立的虚拟环境：conda create -n ja_va我的系统是ubuntu,ubuntu终端命令行安装：1. sudo dpkg -l | grep openjdk 可以看到好几个可供安装的java(如图一).图...
GSEA富集分析 - 界面操作
悟道西方
11-17 3万+
欢迎关注微信公众号生信宝典：http://mp.weixin.qq.com/s/3Nd3urhfRGkw-F0LGZrlZQGSEA定义Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。其输入数据包含两部分，一是已知功能的基因集 (可以是GO注释、MsigDB的注释或其它符合格
GSEA软件使用方法简介
庐州月光的博客
11-05 5771
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! Gene Set Enrichment Analysis是一种富集算法，由Broad Institute研究所的科学家提出，算法核心示意如下 需要两个输入元素，一个就是排序好的基因列表，这里的排序的规则是展现两组间的差异，比如按照Foldchange的值进行排序，第二个就是基因的注释集合，然后运行KS检验计算Enrichment Score(ES),用置换检...
GSEA介绍--鹏鹏原创，必是精品
生物医学信息学博客
10-28 1万+
引入：Functional annotation enrichment analysis的缺点：1、sampling issue2、cut off bias 人为决定p值3、lost mild changes 丢掉了改变小的那些基因而GSEA避免了以上的缺点。GSEA结果生成原理：Phit就是只当前黑线对应的基因，处于你富集分析的gene set中，Pmiss就是只当前黑线对应的基因，不处于你富集...
GSEA富集分析：从概念理解到界面实操
悟道西方
05-21 6315
GSEA定义Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。...
GSEA原理的通俗易懂的理解
XIAOFEI@IDO
07-01 2万+
GSEA分析GSEA介绍GSEA原理数据矩阵文件GSEA计算中几个关键概念典型富集结果解读GSEA与传统的比较 GSEA介绍 我们先提出问题：在解读传统的富集分析（基于超几何分布或Fisher检验）结果时，经富集分析筛选的功能通路中，既有上调差异基因，也有下调差异基因，那么这条通路总体的表现形式改如何定义（是被抑制还是激活）？或者更直观的解释，这条显著富集的功能通路的（基因）表达水平在实验处理后是上升了，还是下降了? 分析： 在传统的富集分析时，我们只需要一个差异基因的列表，根本不关心这个差异基因究竟是上
数据格式_GSEA数据分析需要的数据格式文件
weixin_42146274的博客
01-12 3436
信息来源：Data formats - GeneSetEnrichmentAnalysisWiki本文以GSEA分析所需要的文件格式为例进行讲解1.表达式数据格式（.gct、.res、.pcl、.txt）；2.表型数据格式（.cls）；3.基因集数据库格式（.gmx、.gmt、.grp、.xml（这个貌似可以利用MSigDB数据库））；4.微列阵芯片注释格式（.chip）；5.基因的排名列表（.r...
gsea prerank
最新发布
12-13
GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）是一种用于功能富集分析的生物信息学方法，旨在识别在基因表达数据中富集的基因集。而GSEA prerank则是GSEA方法中的一种扩展应用。 在GSEA prerank中，首先需要根据样本表达...

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论 2
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值