分享一个蛋白互作网站——String （一）

筛选的差异基因或者想要研究的基因和哪些蛋白有相互作用呢？可以用到很多网站来进行预测，下面我们先讲最火的一个——String database.

百度搜索string database：点击第二个。

 点击search：

第一个分析是针对单个基因的，输入想要研究的基因，选择对应的物种，可以分析此基因可能结合的靶蛋白。 

例如：BIRC2这个基因

点击search：

 

continue：

 

 可以得到的是与这个基因直接结合的一些基因：

 不同的连线颜色对应不同的注释，例如黑色是co-expression，说明两基因之间是共表达的关系。

 点击more，可以得到更多的基因：

 可以对图片进行下载。

当然也可以下载tsv文件，基因之间的联系根据score来界定，分值越高可能关系越密切。

 

 这是下载后的文件，我们只关心BIRC2的话，第一列点击筛选，只选BIRC2：

 可以看到BIRC2与28个蛋白有相互作用，不过这只是个预测，具体还需要实验进行验证。

但是我们也可以进行进一步的筛选，例如共表达筛选。之前介绍过GEPIA网站里面的相似性分析：

分享分析TCGA的数据库——GEPIA（一）_Lijingxian教你学生信的博客-CSDN博客

我们就可以使用相似性分析两个基因在mRNA水平上面的相关性。这种在蛋白水平有相互作用，在mRNA水平也共表达的两个基因，很有可能关系最密切。

当然，这种蛋白互作可以使用一些软件进行可视化，比如cytoscape软件，我们以后再介绍。

回到最初界面，假如我们知道一条蛋白的氨基酸序列，也可以进行预测：

 

 结果显示这条序列在人类中没有相似的蛋白序列，因为他是大肠杆菌的。^_^

 

这些结果就预测出来了。

单基因分析通常用于基础实验，生物信息学分析通常是多基因分析蛋白互作。

比如生信筛选一堆基因，如何确定这些基因之间的关联，除了共表达以外，还可以蛋白互作。 

下一期介绍多个基因的蛋白互作分析。