【降解组分析】利用CleaveLand4进行降解组分析

降解组的分析，目前主流的软件为CleaveLand4，他可以通过测序数据来寻找miRNA与基因的剪切位点，从而验证miRNA靶基因的准确性。

CleaveLand4软件安装

该软件安装非常简单，网址在这，我们只需通过git clone即可对其进行下载。

git clone https://github.com/MikeAxtell/CleaveLand4.git

该软件依赖多个软件，我们需要提前安装bowtie，Vienna RNA，samtools等软件。

CleaveLand4软件使用

通过该软件的提示，我们可以发现他有4种模式。

1. mode1为最常见的模式，输入文件分别为-e 降解组测序的fasta文件，-u miRNA的fasta文件，-n 参考基因组的cds文件，
2. mode2可以作为mode1的后续步骤，当我们需要更换我们的miRNA文件时，我们可以运行mode2，可以省去对测序文件的重新比对，它会直接利用mode1生成的*_dd.txt文件，输入文件只需将-e改为-d *_dd.txt即可。
3. mode3与mode2有类似的效果，当我们的降解组测序文件改变，miRNA文件不变时，我们运行mode3。
4. mode4