肿瘤免疫浸润分析-有哪些?

肿瘤的研究越来越多,免疫对于肿瘤微环境具有非常重要的意义和价值,那么当前的免疫相关的分析有哪些呢?
CIBERSORT、mcpcounter、xcell、Timer、quantiseq、EPIC、TIP、ESTIMATE,ssGSEA计算免疫细胞评分…
方法很多,这里推荐一个在线工具,以上方法均可实现!
http://www.tbfollow.com/singleCollectionTool#href-immune
在这里插入图片描述
输入的文件只有一个,就是行为基因,列为样本的表达谱,但是该网站需要基因不能有重复,如果有重复怎么办呢?可以去重,目前去重的方法有很多,比如说:
取均值,取最大值/最小值,取中位数等等
而表达谱过大,手动处理太慢了,怎么办,该网站提供了一个去重的工具,网址:
http://www.tbfollow.com/singleCollectionTool#href-preprocess
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
直接上传文件就好,需要注意的是,这里提供的是选择第一列作为参考,也就是按照第一列进行去重,可以选择相应的方法进行去重即可
接下来就可以愉快的进行免疫分析了。他们也建了相关的qq群,出现问题,可直接发在群,有相关人员可直接解决,比起要发邮件,这种速度快了很多!
在这里插入图片描述

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