蛋白质组学数据分析实践

一、参考文章：

The Primary Effect on the Proteome of ARID1A-mutated Ovarian Clear Cell Carcinoma is Downregulation of the Mevalonate Pathway at the Post-transcriptional Level

目标

• 理清文章思路

• 总结描述蛋白质组学部分的内容和流程

• 标示出与蛋白质组学相关的软件及需要下载的内容（如数据、软件）

二、下载软件

• MaxQuant软件网址：MaxQuant

• 截图

  

• 听说要填写一些基本信息才能进行下载，那就填呗（我没下载）

三、蛋白质组学原始数据下载

根据原文方法部分给出的说明进行下载

• 数据储存在ProteomeXchange网站里：http://proteomecentral.proteomexchange.org，文章给出了ID：PXD004570

• 输入ID之后，点击搜索，会出现如下图所示信息：

• 出现如下信息，选择raw文件夹，进入每个样品信息：

末尾小提示：

因为单个蛋白质组学测定的样品数据量都是比较大的（其实按道理来讲，基于质谱的数据都需要比加大的内存），这里教程的出品人建议从后续的第五讲开始学习，跳过原始数据下载和处理这一步，嘿嘿------