【无标题】

最新推荐文章于 2024-08-29 19:25:41 发布
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分类专栏： R语言 文章标签： r语言
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_44607829/article/details/128923131
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文章讨论了如何确定基因的表达量，通过RNA逆转录成CDNA并计数reads。然而，count值受到基因长度和测序深度的影响，可能导致表达量的误解。例如，基因X长度较长可能导致其reads数多于实际表达量相同的基因Y。文章强调了关注基因被覆盖的相对reads数而非未经矫正的count值的重要性。
摘要由CSDN通过智能技术生成

标题read count、标准化

确定gene的表达量就是把一段gene的rna逆转录的cdna打碎成片段，这些小片段会匹配到gene序列上，多少个reads就是counts，就是gene的表达量。但是count受gene长度和测序深度的影响。
样本A中gene的表达量是样本B的两倍，但是这是由测序深度引起的结果，而非真实存在的差异。

样本A中gene的表达量是样本B的两倍，但是这是由测序深度引起的结果，而非真实存在的差异。

在这里插入图片描述

基因X和Y的真实表达量是一致的，但是基因X的reads会比Y的多，这是由于X基因长度更长导致的。

只想了解每个gene被覆盖到的相对reads数，而不做gene长度矫正在这里插入图片描述

都做

在这里插入图片描述

这个人讲的挺好，有例子

张当当
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