植物中的SCPL酰基转移酶-文献精读54(地表最强系列)

Plant SCPL acyltransferases: multiplicity of enzymes with various functions in secondary metabolism

植物中的SCPL酰基转移酶:具有多种功能的酶在次生代谢中的多样性

酰基转移酶综述-21年-地表最强系列-文献精读-3

惕佫酰假托品合酶的发现-文献精读28

表征和基于结构的蛋白质工程:黄芪特异性皂苷乙酰转移酶-文献精读14

摘要

酰基转移酶家族的酶将酰基从富含能量的供体分子转移到各种受体分子上,促进了植物次生代谢产物的广泛多样化。所有植物酰基转移酶分为两大类:BAHD酰基转移酶和丝氨酸羧肽酶样(SCPL)酰基转移酶。自从在披针叶番茄中表征了首个已知的SCPL酰基转移酶——异丁酰基转移酶以来,许多来自不同植物的同类酶已被鉴定出。这些酶是研究植物酶进化的潜在靶点,因为它们被认为正在经历进化变化。本文旨在总结我们目前对SCPL酰基转移酶的认识。

酰基转移酶 (EC 2.3.1.x) 催化酰基从富含能量的供体分子转移至受体的亲核基团,形成酯键。这些酶在多种植物代谢途径中发挥重要作用,尤其是在次生代谢途径中,从而促进了植物化合物的多样性 (Yu et al. 2009; Mugford and Milkowski 2012)。

根据所使用的酰基供体类型和细胞定位,酰基转移酶可分为两大类:BAHD酰基转移酶(命名源自该家族中最早被表征的四种酶)和丝氨酸羧肽酶样 (SCPL) 酰基转移酶 (Mugford and Milkowski 2012; Bontpart et al. 2015)。

SCPL酰基转移酶利用β-乙缩醛葡萄糖酯(1-O-β-D-葡萄糖酯),其表现出较高的酰基转移潜力 (Mock and Strack 1993)。1-O-β-D-葡萄糖酯由依赖UDP-葡萄糖的葡萄糖基转移酶(UGT)在细胞质中合成,随后转移并储存在液泡中,在那里它们被用作转酰化和转糖基化反应的底物 (Sasaki et al. 2014)。与SCPL酰基转移酶的液泡定位一致,这些蛋白质具有引导其进入液泡的N端信号肽 (Hause et al. 2002; Fraser et al. 2005)。

SCPL酰基转移酶与属于S10家族的丝氨酸羧肽酶 (SCP) 同源,后者水解肽链中倒数第二位和C末端氨基酸残基之间的肽键 (Schaller 2004; Mugford and Milkowski 2012)。SCPL酰基转移酶和SCP在结构上具有相似性,典型的羧肽酶水解活性结构特征包括α/β折叠和由丝氨酸、组氨酸和天冬氨酸组成的进化保守的催化三联体。尽管具有这些相似性,SCPL酰基转移酶并不表现出对肽键的水解活性 (Milkowski and Strack 2004; Stehle et al. 2009)。据信,SCP和SCPL通过分化进化出现,在这一过程中,SCPL蛋白替代了水解活性而具备了转移酶活性 (Milkowski and Strack 2004; Stehle et al. 2006)。

SCPL酰基转移酶在多个代谢途径中发挥作用,例如次生代谢产物的生物合成以及一些植物激素和除草剂的结合 (Lehfeldt et al. 2000; Liu et al. 2008; Mugford et al. 2009)。因此,SCPL酰基转移酶的活性对于植物的正常生长和发育至关重要,同时也有助于赋予植物对外源性物质的抗性以及应对非生物胁迫(如氧化应激、紫外线辐射、高温和低温处理、盐度、干旱)或真菌和细菌病原体的防御反应 (Wang et al. 2012; Mugford et al. 2013; Chiu et al. 2016)。系统发育分析表明,单子叶和双子叶植物中都含有大量的潜在SCPL酰基转移酶 (Mugford and Osbourn 2010)。然而,是否所有潜在的SCPL酰基转移酶基因都编码该家族的酶尚待验证,因为目前仅少数基因在蛋白质水平上得到了功能表征。

披针叶番茄中的异丁酰基转移酶

SCPL酰基转移酶家族中第一个被鉴定和表征的酶是来自披针叶番茄的1-O-β-酰基葡萄糖依赖的异丁酰基转移酶,该酶催化双酰葡萄糖的形成,后者是葡萄糖聚酯生物合成途径的中间体 (Li et al. 1999; Li and Steffens 2000)。葡萄糖聚酯(酰基糖)是在腺毛中合成的,并作为对某些昆虫的防御机制的一部分。酰基葡萄糖是由β-D-葡萄糖和三个酰基构成的分子,这些酰基包括支链和直链的C4–C5或C10–C12脂肪酸 (Burke et al. 1987; Walters and Steffens 1990)。酰基葡萄糖生物合成的第一步是通过UDP-葡萄糖:脂肪酸葡萄糖基转移酶激活脂肪酸,形成富含能量的1-O-酰基-β-D-葡萄糖。1-O-酰基-β-D-葡萄糖作为酰基供体用于两步转酰基反应。首先,两个1-O-酰基-β-D-葡萄糖分子进行不对称反应生成1,2-双酰-β-D-葡萄糖,其结构如图1所示。接下来发生1-O-酰基-β-D-葡萄糖与β-D-葡萄糖之间的苷原位酰基交换。两个转酰基反应均由披针叶番茄中的异丁酰基转移酶催化,该酶是由34和24 kDa多肽组成的糖蛋白异源四聚体 (Li et al. 1999)。

该L. pennellii异丁酰基转移酶的cDNA鉴定及其氨基酸序列分析显示,该酶与丝氨酸羧肽酶具有同源性,其与大麦的丝氨酸羧肽酶I的序列具有76%的一致性和35%的相似性 (Li and Steffens 2000)。L. pennellii酰基转移酶拥有一个丝氨酸-组氨酸-天冬氨酸催化三联体,其中丝氨酸残基位于24 kDa亚基上,而组氨酸和天冬氨酸残基位于34 kDa亚基上。二异丙基氟磷酸(DFP)作为强效丝氨酸羧肽酶抑制剂,能够抑制异丁酰基转移酶的活性,表明该丝氨酸-组氨酸-天冬氨酸催化三联体在酰基转移催化中起到了关键作用。

芥子酰基转移酶

芥子酸酯类是植物苯丙素类次生代谢产物,能赋予植物抵抗紫外线辐射的能力 (Landry et al. 1995)。拟南芥和其他一些十字花科植物主要积累三种类型的芥子酸酯:芥子酰胆碱(储存在种子中)、芥子酰-L-苹果酸(储存在营养组织中)和1-O-芥子酰-β-D-葡萄糖,它是前两者的直接前体 (Lehfeldt et al. 2000)。芥子酰葡萄糖是一种由UDP-葡萄糖:芥子酸葡萄糖基转移酶(SGT)合成的富含能量的β-乙缩醛酯,SCPL酰基转移酶可利用其作为酰基供体 (Mock and Strack 1993; Wang and Ellis 1998; Milkowski et al. 2000)。芥子酰基转移酶催化从芥子酰葡萄糖向受体分子转移芥子酰基的过程,目前这是研究最透彻的一组SCPL酰基转移酶。此类酰基转移酶包括:(1) 芥子酰葡萄糖:胆碱芥子酰基转移酶(SCT),催化芥子酰胆碱的形成 (Shirley et al. 2001);(2) 芥子酰葡萄糖:L-苹果酸芥子酰基转移酶(SMT),催化芥子酰-L-苹果酸的生物合成 (Lehfeldt et al. 2000);(3) 芥子酰葡萄糖:芥子酰葡萄糖芥子酰基转移酶(SST),催化从一个1-O-芥子酰-β-D-葡萄糖分子向另一个转移芥子酰基,生成1,2-二芥子酰葡萄糖 (Baumert et al. 2005; Fraser et al. 2007);(4) 芥子酰葡萄糖:花色苷芥子酰基转移酶(SAT),催化形成一种氰苷衍生物 (Yoshimoto et al. 2001; Fraser et al. 2007)。图2展示了芥子酰基转移酶活性的反应产物。

芥子酰葡萄糖:胆碱芥子酰基转移酶(SCT)

SCT催化从1-O-芥子酰葡萄糖向胆碱转移芥子酰基,生成芥子酰胆碱 (Shirley et al. 2001)。基于拟南芥(AtSCT)(Shirley et al. 2001)和油菜(BnSCT)(Milkowski et al. 2004)的SCT序列分析,SCT被分类为SCPL酰基转移酶家族成员。SCT包含一个进化保守的催化三联体,这是SCP蛋白的特征 (AtSCT的Ser178, Asp388, His442,BnSCT的Ser175, Asp390, His444) (Stehle et al. 2006; Shirley et al. 2001)。AtSCT和BnSCT的氨基酸序列具有84%的一致性 (Milkowski et al. 2004)。此外,在油菜中发现了两个编码SCT的基因,BnSCT1和BnSCT2,它们的序列相似性达99% (Weier et al. 2008)。在拟南芥和油菜中,缺乏功能性SCT的突变体仅表现出微量的芥子酰胆碱,同时种子中游离胆碱的含量显著增加 (Huang et al. 2008; Weier et al. 2008)。

免疫化学分析显示,成熟的AtSCT是由30 kDa和17 kDa两个亚基组成的异源二聚体 (Shirley and Chapple 2003)。AtSCT亚基是通过对一个50 kDa前体蛋白进行蛋白水解裂解产生的。计算得出的BnSCT分子量也是50 kDa,但在该蛋白成熟过程中被移除的肽段存在于其序列中 (Milkowski et al. 2004)。这表明成熟的BnSCT与AtSCT类似,是由蛋白水解生成的两个亚基组成的异源二聚体。AtSCT和BnSCT的N端都含有液泡定位信号序列。此外,这两种蛋白还具有潜在的N-糖基化位点,表明SCT是一种糖蛋白 (Milkowski et al. 2004; Shirley and Chapple 2003)。

AtSCT对酰基供体具有广泛的底物特异性,除了芥子酰葡萄糖,它还能利用其他1-O-羟基肉桂酰葡萄糖酯,如阿魏酰葡萄糖、咖啡酰葡萄糖和对香豆酰葡萄糖 (Shirley and Chapple 2003)。作为酰基受体分子,AtSCT对胆碱具有最高的特异性,但在反应体系中高浓度时,它也可以利用其他受体(如乙醇胺衍生物、新戊醇和甘油)。苯甲基磺酰氟(PMSF)作为一种强效丝氨酸羧肽酶抑制剂,可以抑制AtSCT的活性 (Shirley et al. 2001)。

基于BnSCT三级结构的建模分析显示,该蛋白具有水解酶α/β折叠结构和三个二硫键 (Stehle et al. 2006)。1-O-β-芥子酰葡萄糖由五个氨基酸残基识别,Glu217 (AtSCT的Glu220)和Arg221 (AtSCT的Arg224)通过氢键与芥子酰葡萄糖的芥子酰基相互作用,而Thr74 (AtSCT的Thr77)、Asp174 (AtSCT的Asp177)和Ser320 (AtSCT的Ser319)通过氢键与底物的葡萄糖基团相互作用。另一方面,胆碱由Glu274 (AtSCT的Glu277)、Glu447 (AtSCT的Glu445)、Cys281 (AtSCT的Cys284)和Thr445 (AtSCT的Thr443)识别。

芥子酰葡萄糖:L-苹果酸芥子酰基转移酶(SMT)

SMT催化从1-O-芥子酰葡萄糖向L-苹果酸转移芥子酰基,生成芥子酰-L-苹果酸 (Lehfeldt et al. 2000)。对拟南芥(AtSMT)的氨基酸序列分析表明,该酶与酿酒酵母的羧肽酶Y具有18%的同源性,与小麦羧肽酶具有23%的同源性。该同源性以及催化三联体Ser173-His411-Asp358的存在,促使该酶被归类为SCPL酰基转移酶家族。对AtSMT的催化位点突变分析表明,催化三联体对于该酶的转酰基活性至关重要 (Stehle et al. 2006)。Ser173Ala和His411Ala突变导致AtSMT酶活性完全丧失,而Asp358Ala突变的酶仅保留了20%的原始活性。

根据氨基酸序列计算得出的AtSMT分子量为47.2 kDa,这与在大肠杆菌中产生的重组酶实验确定的分子量(44 kDa)一致 (Lehfeldt et al. 2000)。然而,拟南芥AtSMT的免疫化学分析表明,天然蛋白是一个55 kDa的单体 (Hause et al. 2002)。分子量的差异以及潜在N-糖基化位点的存在表明,SMT是一种糖蛋白。AtSMT还经历其他翻译后修饰,如N端信号序列的移除。结合成熟AtSMT定位于叶片叶肉和表皮细胞的中央液泡中,可以推测该酶是作为前体蛋白合成的,随后转移至内质网,在那里其N端信号序列被切除。之后,AtSMT被转运至高尔基体,在那里发生糖基化,最终转移到其最终位置液泡中 (图3)。

BAHD-和SCPL依赖的酰化反应的细胞内定位(基于Bontpart等人2015年的研究,经过修改)。SCPL在内质网(ER)中合成并进行修饰,随后转运到高尔基体(GA)。在高尔基体中完成糖基化后,SCPL被分配到液泡中,在液泡中它们催化各种酰基受体的酰化反应。在细胞质中,UDP-糖基转移酶催化将糖基转移至有机酸受体,合成葡萄糖酯(1-O-酰基-β-D-葡萄糖)。BAHD酰基转移酶将CoA硫酯转化为酰基产物。1-O-酰基-β-D-葡萄糖和酰基受体共同被转运到液泡,在液泡中它们作为底物参与SCPL催化的反应。

通过生物信息学方法获得的AtSMT的结构模型揭示了三条二硫键稳定酶的构象,并确认了赋予SCP水解活性的α/β折叠结构(Stehle等,2006)。该模型还帮助研究人员确定了在芥子酰基从芥子酰葡萄糖转移到L-苹果酸过程中与底物分子相互作用的氨基酸残基。

1-O-芥子酰葡萄糖通过与七个氨基酸残基形成氢键被AtSMT识别:芥子酰葡萄糖分子的芥子酰基与Glu215和Arg219相互作用,而底物的葡萄糖基团则与Trp71、Asn73、Gly74、Glu87和Asp172相互作用(Stehle等,2006)。另一方面,L-苹果酸通过Asn73和Asp127与AtSMT形成氢键,这些侧链与底物的质子化羧基相互作用。His272、Lys268和Asp278可能也参与了L-苹果酸的结合,因为这些残基的替换导致AtSMT的活性显著丧失。

Arg322Glu的替换几乎完全丧失了AtSMT的活性(Stehle等,2006)。这表明Arg322通过与两个底物形成氢键相互作用,对AtSMT的酰基转移酶活性至关重要。当葡萄糖基团离开酶的活性位点时,Arg322启动构象变化,使L-苹果酸定位,从而使催化性His411从底物的羟基上抽取质子。同时,这也使L-苹果酸能够攻击先前形成的AtSMT:芥子酰基复合物,最终生成反应产物——芥子酰-L-苹果酸。

包围催化丝氨酸残基的Gly-Glu-Ser-Tyr-Ala基序是丝氨酸羧肽酶家族酶的典型特征(Derewenda等,1992)。在芥子酰基转移酶中也存在类似的基序,然而其中谷氨酸被天冬氨酸替代,丙氨酸被丝氨酸替代(Gly-Asp-Ser-Tyr-Ser)(Stehle等,2006)。研究认为,谷氨酸被天冬氨酸替换使SCPL酰基转移酶能够利用1-O-β-D-葡萄糖酯作为底物,因为谷氨酸的较长侧链会由于空间障碍阻止酰基葡萄糖的结合。

AtSMT对L-苹果酸具有很高的特异性。尽管(S)-2-羟基丁酸、(R)-3-羟基丁酸、戊二酸和琥珀酸与L-苹果酸在结构上相似,但它们并不是AtSMT的底物,而是作为该酶的竞争性抑制剂(Stehle等,2008b)。PMSF也会抑制AtSMT的酰基转移酶活性(Lehfeldt等,2000)。

在pH 6.0时,AtSMT催化从1-O-β-芥子酰葡萄糖向L-苹果酸转移芥子酰基,生成芥子酰-L-苹果酸,这是该酶的主要活性。然而,当pH升高到8.0且反应环境中缺乏L-苹果酸时,AtSMT的活性偏向于从两个芥子酰葡萄糖分子生成1,2-二-O-β-芥子酰葡萄糖(Stehle等,2006)。AtSMT的这种不对称活性仅在体外且L-苹果酸不存在的情况下检测到。这一发现表明,AtSMT对受体1-O-β-芥子酰葡萄糖的结合弱于对L-苹果酸的结合。AtSMT与L-苹果酸形成了五个氢键,而与1-O-β-芥子酰葡萄糖仅形成两个氢键。

在标准条件下,AtSMT表现出另一种非常微弱的酶活性(Stehle等,2008a)。它能够水解1-O-β-芥子酰葡萄糖生成葡萄糖和芥子酸。在没有L-苹果酸或在pH 8.0时,AtSMT的水解活性增强。这些条件下,AtSMT的酰基转移酶活性也会同时降低。AtSMT在pH 6.0时表现出最高的酰基转移酶活性,这与其在液泡中的定位条件相符。AtSMT的三种不同催化活性表明,该酶仍处于进化变化中,尚未完全获得严格的底物特异性,也尚未完全失去其水解特性。

芥子酰葡萄糖:芥子酰葡萄糖芥子酰基转移酶(SST)

拟南芥中的SST,类似于其他SCPL酰基转移酶,具有SCP蛋白典型的催化三联体(Ser175, Asp362, His415)(Stehle等,2013)。与上述芥子酰基转移酶不同的是,AtSST的构象仅由两个二硫键而非三个稳定。AtSST和AtSMT的氨基酸序列比对显示,第一个酶缺少其他芥子酰基转移酶中高度保守的S1二硫键,这是由于半胱氨酸残基被天冬氨酸替代所致。在AtSST中人工重建S1二硫键后,酶的底物特异性下降。此外,这类AtSST突变体表现出与SMT相似的催化活性。这些发现表明,在进化过程中失去S1二硫键促进了AtSST的高度底物特异性,该酶几乎仅利用1-O-芥子酰-β-D-葡萄糖作为其转酰基底物。对拟南芥近缘物种阿拉伯地衣(Arabidopsis lyrata)的基因组进行生物信息学分析,发现了一个潜在编码AlSST的基因,该基因也丢失了S1二硫键(Stehle等,2013)。

AtSST通过五个氨基酸残基识别芥子酰葡萄糖的供体分子(Stehle等,2013)。底物的葡萄糖基团通过氢键与酰基转移酶的Arg329、Asp174和Asp327残基相互作用,而供体分子的芥子酰基通过范德华力与Phe248的侧链相互作用,并通过疏水键与Pro332相互作用,以及通过氢键与Phe248的羰基相互作用。另一方面,受体芥子酰葡萄糖分子通过四个氨基酸残基与AtSST相互作用。底物的芥子酰基通过氢键与Tyr419侧链的羟基相互作用。受体分子葡萄糖基团的C4-OH通过氢键与催化性组氨酸残基His415以及Arg326和Asp327相互作用。

花色苷酰基转移酶

酰化对花色苷的生化特性具有重要影响。大多数花色苷酰基转移酶属于BAHD家族。然而,近年来也鉴定出一些潜在的SCPL花色苷酰基转移酶(Tanaka等,2008)。

拟南芥的At2g23000基因编码一种SAT转移酶,该酶主要由葡萄糖基转移酶UGT84A2合成的1-O-芥子酰-β-D-葡萄糖作为酰基供体(Lim等,2001;Saito等,2013)。通过分析缺少At2g23000基因的拟南芥突变体,确定了SAT在花色苷酰化中的作用,这些突变体无法生成酰化形式的花色苷(Fraser等,2007)。在缺失UGT84A2的拟南芥突变体中,花色苷A11(野生型拟南芥叶片中的主要芥子酰化花色苷)的水平大幅降低。这表明A11以及大多数其他芥子酰化花色苷(如A4、A7、A9和A10)是由芥子酰葡萄糖合成的,其形成可能由SCPL酰基转移酶催化(Shi和Xie,2014)。

一些能够转移除芥子酸以外的酰基的SCPL花色苷酰基转移酶也已被鉴定出。在来源于野生胡萝卜(Daucus carota)的花色苷合成细胞系中,鉴定出一种利用1-O-羟基肉桂酰-β-D-葡萄糖作为底物的酶,后被认为属于SCPL酰基转移酶家族(Gläßgen和Seitz,1992;Fraser等,2007)。对D. carota和滨防风(Glehnia littoralis)细胞培养物的蛋白提取物进行分析,发现其中存在一种利用1-O-阿魏酰葡萄糖、1-O-芥子酰葡萄糖和4-O-香豆酰葡萄糖的酰基转移酶(Matsuba等,2008)。这些酰基转移酶的底物特性强烈表明它们属于SCPL家族,尽管仍需通过基因鉴定和功能性重组蛋白来支持这一分类。

在大花飞燕草(Delphinium grandiflorum)中鉴定出一个SCPL2基因,可能编码花色苷酰基转移酶AA7G-AT和/或AA7GBG-AT(Nishizaki等,2013)。对大花飞燕草部分纯化提取物中的AA7G-AT和AA7GBG-AT进行活性测定表明,两种酶都更倾向于使用阿魏酰-1-O-β-D-葡萄糖和羟基苯甲酰-1-O-β-D-葡萄糖作为酰基供体,但也可以利用其他酰基葡萄糖酯作为底物。将DgSCPL2:GFP融合构建体引入洋葱细胞中显示,DgSCPL2酰基转移酶定位于液泡中。然而,值得注意的是,作者并未对鉴定的基因进行异源表达,因此尚无法明确将AA7G-AT和AA7GBG-AT分类为SCPL酰基转移酶。

燕麦皂苷的酰基转移酶

燕麦皂苷是具有抗微生物特性的三萜类化合物,酰化有N-甲基蒽酸(燕麦皂苷A-1和B-1)或苯甲酸基团(燕麦皂苷A-2和B-2),它们在燕麦根部合成,赋予其抵御土壤病原体的能力。燕麦皂苷酰化所需的酰基供体由葡萄糖基转移酶UGT74H5(N-甲基蒽酸酰-β-D-葡萄糖)和UGT74H6(N-甲基蒽酸酰-β-D-葡萄糖和苯甲酰-β-D-葡萄糖)合成(Owatworakit等,2013)。

UGT74H5葡萄糖基转移酶由Sad10基因编码,该基因邻近Sad7基因,后者编码SCPL1(SAD7)酰基转移酶(Mugford等,2009)。SCPL1催化燕麦皂苷的N-甲基蒽酸酰基和苯甲酸基团的酰化,因此参与了A-1、A-2、B-1和B-2燕麦皂苷的生物合成,其结构如图4所示(Owatworakit等,2013)。来自黑燕麦(Avena strigosa)的SCPL1仅在根尖表皮细胞中定位,燕麦皂苷在此合成。成熟的AsSCPL1由19和29 kDa的两个亚基组成,这两个亚基是通过对前体蛋白进行内切蛋白水解产生的(Mugford等,2013)。

燕麦皂苷A-1在野生型黑燕麦(Avena strigosa)中能强烈抑制真菌病原体瓜果炭疽菌(Colletotrichum orbiculare)的生长。然而,在sad7突变体中,由于缺乏功能性AsSCPL1,只能合成未酰化的A-1,这种抑制作用未见显现(Mugford等,2013)。这些结果表明,燕麦皂苷的酰化对其抗菌特性至关重要。

单宁的酰基转移酶

单宁是植物的多酚类防御化合物,能够阻止食草动物,具有抗病原特性,并且在一些植物种类中还具有化感作用。单宁分为两类:缩合单宁(原花青素,PAs)和水解单宁。PAs是由黄烷-3-醇、儿茶素和表儿茶素单元组成的酚类寡聚物或聚合物,而水解单宁则是没食子酸与多元醇(主要是β-D-葡萄糖)的酯。潜在的SCPL酰基转移酶已被鉴定为可能催化这两类单宁的酰化(Carrier等,2013;Cheynier等,2013)。

PA酰化在柿子(Diospyros kaki)和葡萄藤(Vitis vinifera)中得到了研究(Ikegami等,2007;Carrier等,2013)。在这些植物中,鉴定出了潜在的SCPL酰基转移酶基因。在涩味柿子果实中,DkSCPL1DkSCPL2被发现表达,这些果实积累了大量的PA。相比之下,成熟的非涩味柿子果实在成熟过程中失去了PA(Akagi等,2009)。DkSCPL1和DkSCPL2编码的潜在酰基转移酶可能在柿子果实中PA的积累中起着重要作用,因为这两个基因表达的减少与PA积累的降低是一致的(Akagi等,2009,2011)。生物信息学分析显示,DkSCPL1与披针叶番茄(L. pennellii)异丁酰基转移酶编码基因具有51%的同源性。预测的DkSCPL1氨基酸序列与AtSMT的相似度为41%,与AtSCT和BnSCT的相似度为42%。DkSCPL1具有SCPL酰基转移酶的四个潜在N-糖基化位点和N端信号序列,但不含Ser-His-Asp催化三联体(Ikegami等,2007)。此外,尚未尝试异源表达DkSCPL1和DkSCPL2基因,因此目前尚无直接证据表明这些基因编码具有催化活性的SCPL酰基转移酶。因此,尚不清楚DkSCPL1和DkSCPL2是否为SCPL酰基转移酶,需进一步分析。

从茶树(Camellia sinensis)中分离并表征了一种催化没食子酸基从没食子酸酰-1-O-β-D-葡萄糖转移到儿茶素上的潜在SCPL酰基转移酶,即表儿茶素没食子酰基转移酶(ECGT)(Liu等,2012)。没食子酸酰-1-O-β-D-葡萄糖是ECGT的底物,由UDP-葡萄糖:没食子酸酰-1-O-β-D-葡萄糖基转移酶(UGGT)合成。SDS-PAGE分析显示,茶树ECGT为60 kDa和/或58 kDa亚基组成的二聚体、三聚体或四聚体。每个亚基由分子量分别为36 kDa和28 kDa或34 kDa和28 kDa的多肽组成(Liu等,2012)。对茶树中原生ECGT的纯化制剂进行质谱分析,发现其与NCBI数据库中的SCPL1199蛋白序列相似(Liu等,2012)。随后,Chiu等(2016年)使用从SCPL1199保守区设计的简并引物克隆了CsSCPL基因,但尚未报道功能性重组CsECGT。

ECGT对表儿茶素和表没食子儿茶素作为没食子酸受体表现出相似的亲和力(Liu等,2012)。图5显示了两种化合物酰化的产物。ECGT的酶活性受PMSF以及具有强亲硫基特性的β-巯基乙醇和Hg²⁺离子的抑制。后两者的结果表明,原生ECGT的构象由二硫键稳定。

水解单宁的酰化也在火炬树(Rhus typhina)中进行了分析。从该植物的叶片中分离出五种依赖于没食子酰-1-O-β-D-葡萄糖的没食子酰基转移酶,并对其进行了表征(Niemetz和Gross,2005)。这五种没食子酰基转移酶在对酰基供体和受体的特异性方面有所不同。然而,它们的共同特征是广泛的底物特异性。三种没食子酰基转移酶优先酰化五没食子酰葡萄糖六没食子酰葡萄糖(Niemetz和Gross,1998, 1999, 2001),而另两种酶的主要底物是六没食子酰葡萄糖七没食子酰葡萄糖(Fröhlich等,2002)。鉴于这些酰基供体分子的特性,所有五种酰基转移酶可能属于SCPL家族,但这一分类尚未得到氨基酸序列分析的支持。

吲哚乙酰基转移酶

SCPL家族的吲哚乙酰基转移酶是生长素酯生物合成途径中的酶,催化从1-O-吲哚-3-乙酰-β-D-葡萄糖(1-O-IAGlc)向不同受体分子转移吲哚-3-乙酸(IAA)基团。第一个被表征的SCPL吲哚乙酰基转移酶是玉米中的1-O-IAGlc:肌醇酰基转移酶,被命名为吲哚-3-乙酰-肌醇(IAInos)合酶(Michalczuk和Bandurski,1980;Kęsy和Bandurski,1990)。IAInos的结构如图6所示。随后,对该酶的部分氨基酸序列分析表明,它属于SCPL酰基转移酶家族(Kowalczyk等,2003)。

玉米IAInos合酶对肌醇具有高度的底物特异性,但也可以利用其他肌醇异构体作为吲哚-3-乙酸(IAA)的受体(Michalczuk 和 Bandurski 1982;Kęsy 和 Bandurski 1990)。高浓度的1-O-IAGlc和肌醇都会抑制该酶的活性。硫醇类化合物(如二硫苏糖醇和β-巯基乙醇)也是IAInos合酶的强抑制剂。这些发现表明,IAInos合酶的构象与其他SCPL酰基转移酶一样,由二硫键稳定。

IAInos合酶是一种糖蛋白,由两个多肽亚基组成,分别是α亚基(56.4 kDa)和α′亚基(53.5 kDa),它们的氨基酸序列是相同的(Kowalczyk等,2003)。多肽之间3 kDa的分子量差异可能是由于糖基化水平不同所致。天然酶以单体形式存在,也可能是αα或αα′二聚体。

玉米IAInos合酶是一种双功能酶,与AtSMT类似,它保留了水解活性,除了转酰基外,它还催化IAInos的水解(Kowalczyk等,2003)。此外,部分纯化的酶还表现出另一种催化活性,即它可以将IAA从IAInos转移到葡萄糖、甘露糖、半乳糖和阿拉伯糖,形成稳定的4-O或6-O单糖酯。Kowalczyk等(2003年)提出,糖基化的水平或构成糖蛋白的糖链的类型可能是IAInos合酶活性调节的潜在因素。最近,从水稻幼苗中部分纯化了IAInos合酶,并使用细菌和酵母表达系统获得了这种IAA酰基转移酶的两种重组形式(Ciarkowska等,2018)。对这些酶的生化和分子表征表明,糖基化并非酶活性所必需。此外,在将吲哚乙酰基从1-O-IA-葡萄糖转移到肌醇的过程中,水稻IAInos合酶显示出符合米氏方程模型的双曲线动力学特征。与其他SCPL一样,水稻IAInos转移酶也受到PMSF的不可逆抑制。考虑到IAInos合成活性受一些植物激素和盐胁迫的影响,我们不能排除IAInos合酶参与植物应对非生物胁迫的可能性(Ciarkowska等,2016)。

近年来,玉米IAA酯结合生物合成途径中的另一种酰基转移酶被鉴定出来(Starzyńska和Kowalczyk,2012)。1-O-(吲哚-3-乙酰基)-β-D-葡萄糖:糖吲哚乙酰基转移酶(1-O-IAGlc-SugAc)催化从1-O-IAGlc向一些糖(主要是单糖,如甘露糖、葡萄糖、半乳糖)转移IAA基团,但也可作用于蜜二糖、龙胆二糖和棉子糖。除了酰基转移酶活性外,1-O-IAGlc-SugAc还显示出对1-O-IAGlc的低水解和不对称活性,分别产生游离的IAA和1,2-二-O-吲哚-3-乙酰-β-D-葡萄糖。玉米1-O-IAGlc-SugAc是由42 kDa和17 kDa多肽组成的异源二聚体。该酶的氨基酸序列分析尚未完成。然而,1-O-IAGlc-SugAc催化的反应类型以及其底物为1-O-IAGlc这一事实,强烈表明1-O-IAGlc-SugAc属于SCPL酰基转移酶家族,尽管还需要进一步确认。

SCPL酰基转移酶的催化机制

如上所述,丝氨酸羧肽酶和SCPL酰基转移酶都具有进化上保守的催化三联体(Ser-His-Asp)和赋予水解活性的α/β折叠结构(Stehle等,2006, 2009)。尽管有这些相似性,SCPL酰基转移酶并不水解肽键,而是催化酰基转移反应。

SCP催化肽键的水解根据一种双置换(乒乓)机制进行,其中第一个产物在两个底物与酶结合之前被释放(Schaller,2004)。催化性丝氨酸残基通过亲核攻击肽键的羰基C原子启动反应。催化性丝氨酸羟基上的质子被转移到催化性组氨酸残基上,产生的正电荷由催化性天冬氨酸残基稳定。随后,质子被转移到肽键中的一个氮原子上,导致肽键的断裂。结果,蛋白质的N端部分被酯化到SCP的催化性丝氨酸残基上,形成共价中间体,C端部分则被释放。然后,利用一个水分子对酰化中间体进行水解,催化性丝氨酸残基通过结合质子再生。

SCPL酰基转移酶的催化机制尚未完全理解。SCP和SCPL酰基转移酶具有结构相似性,此外,肽键和酯键在化学上也存在相似性。因此,有人提出,SCPL酰基转移酶采用与SCP相同的催化机制,即双置换(乒乓)机制,唯一的区别是用第二底物(酰基供体的受体)代替水分子。SCPL酰基转移酶的催化性丝氨酸残基亲核攻击葡萄糖酯底物的羰基C原子,形成酰化酶中间体。然后,通过第二底物的攻击,酯键被裂解,酰基基团最终转移到受体上(Milkowski 和 Strack,2004)。

对重组AtSCT的动力学分析表明,这种酶的反应机制确实与SCP相同(Shirley 和 Chapple,2003)。然而,对AtSMT的类似分析表明,该酶采用的是随机顺序bi–bi机制,在反应启动之前,两个底物以随机顺序结合到活性位点(Stehle等,2006)。

AtSMT催化的转酰基反应是通过两个底物结合到酶上启动的。催化性Ser173攻击1-O-β-芥子酰葡萄糖,形成酰化酶中间体。催化性组氨酸残基与受体分子L-苹果酸相互作用,后者随后攻击酰化酶,结果,葡萄糖和新生成的芥子酰-L-苹果酸从AtSMT的活性位点释放(Stehle等,2006)。AtSCT和AtSMT根据不同的机制催化酰基转移反应的事实表明,SCPL酰基转移酶仍在经历进化变化。

SCPL酰基转移酶是一个相对较新的植物酰基转移酶家族,目前尚未完全理解,尽管可以确定它们在次生代谢途径中发挥重要作用,因而为植物天然化合物的广泛多样性做出了贡献。系统发育分析表明,单子叶植物和双子叶植物都具有大量SCPL基因,其中一些基因编码潜在的SCPL酰基转移酶(Mugford 和 Osbourn,2010)。SCPL酰基转移酶是在分化进化过程中从SCP中演化出来的。然而,事实表明一些SCPL酰基转移酶尚未完全失去水解活性,且AtSCT仍保留了SCP的双置换催化机制,这强烈暗示SCPL酰基转移酶仍处于进化之中。总之,SCPL家族的酰基转移酶是研究植物次生代谢分子机制以及植物酶进化的极佳靶点。

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