使用bwa将fastq文件转换成sam文件

将下载好的fastq文件解压。

建立索引：bwa index SRR893061_1.fastq -p genome

aln 命令将单独的 reads 比对到参考序列：
bwa aln genome SRR893061_1.fastq > aln_sa1.sai
bwa aln genome SRR893061_2.fastq > aln_sa2.sai

sampe命令 生成 sam 文件：
bwa sampe genome aln_sa1.sai aln_sa2.sai SRR893061_1.fastq SRR893061_2.fastq > S
RR893061.sam

等待sampe命令运行完成后，查看生成的sam文件。