R语言：热图（Heatmap）显示指定 Gene 的标签注释

前言

效果图，手头没有数据……所以模拟的数据，将就着看吧😑：

   左图，可以指示感兴趣的基因在热图中的位置，有一些文章中可以看到一样的图；右图，可以指示每个分组中感兴趣的基因，只是这个组有这个基因，位置不代表在热图中的具体位置。

Package简介

   R package: ComplexHeatmap，作者：Zuguang Gu，文章发表：Gu, Z. (2016) Complex heatmaps reveal patterns and correlations in multidimensional genomic data. DOI: 10.1093/bioinformatics/btw313，个人使用起来的最大感受就是高度定制化，风格多样，也是我目前使用最多的热图呈现工具😑

安装

# 直接 Github 安装
devtools::install_github("jokergoo/ComplexHeatmap")
# 从 Bioconductor 安装
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ComplexHeatmap")

图（左）

library(ComplexHeatmap)
## 准备一下数据
m <- matrix(rnorm(1000), nrow = 100)
rownames(m) <- 1:100

ha <- rowAnnotation(
	## 标记在原始数据（就是上面的m）的哪个位置
	foo = anno_mark(at = c(1:4, 20, 60, 97:100),
	## 要标记的基因
	labels = month.name[1:10])
	)

pdf("tmp1.pdf", height = 10, width = 5)

Heatmap(
	m, 
	name = "mat", 
	cluster_rows = FALSE, 
	right_annotation = ha,
	row_names_side = "left", 
	row_names_gp = gpar(fontsize = 4), 
	row_km = 4
	)

dev.off()

图（右）

# 搞一个随机生成字符串的fun
random_text <- function(n) {
  sapply(1:n, function(i) {
    paste0(sample(letters, sample(4:10, 1)), collapse = "")
  })
}
# 
(text_list <- list(
  text1 = random_text(4), # 日常使用的时候直接用基因之类的ok
  text2 = random_text(4),
  text3 = random_text(4),
  text4 = random_text(4)
))
## 需要这样格式的一个list，list中的每个部分就是分组中要注释的内容，
## 直接应用的时候需要换成，基因甚至可以是GO的通路
# $text1
# [1] "irtgfbkqp" "uxzflesr"  "wtaql"     "iytoqj"   
# $text2
# [1] "hefnwzsgcp" "mqsuw"      "cnemqvdop"  "rvfco"     
# $text3
# [1] "axiw"   "girmlb" "xztlc"  "gecubh"
# $text4
# [1] "gczw"     "edposqvi" "ldrv"     "fmbkapd"

ha <- rowAnnotation(
	foo = anno_empty(border = FALSE,
	width = max_text_width(unlist(text_list)) + unit(4, "mm"))
	)

pdf("tmp2.pdf", height = 10, width = 5)

Heatmap(
	m, 
	name = "mat",
	row_km = 4,
	right_annotation = ha,
	show_row_names = F
	)

for(i in 1:4) {
  decorate_annotation("foo", slice = i, {
    grid.rect(x = 0, width = unit(2, "mm"), gp = gpar(fill = i, col = NA), just = "left")
    grid.text(paste(text_list[[i]], collapse = "\n"), x = unit(4, "mm"), just = "left")
  })
}

dev.off()

总结

   根据使用的集成开发环境（IDE），比如Rstudio、vscode、Atom等，画图的时候可能会有个Message（不翻译了……）：

It seems you are using RStudio IDE. `anno_mark()` needs to work with the physical size of the graphics device. It
only generates correct plot in the figure panel, while in the zoomed plot (by clicking the icon 'Zoom') or in the
exported plot (by clicking the icon 'Export'), the connection to heatmap rows/columns might be wrong. You can
directly use e.g. pdf() to save the plot into a file.

Use `ht_opt$message = FALSE` to turn off this message.

   这也是我直接保存为PDF的原因。对于左图，跟适合注释一些基因在热图中的位置，而左图可能更适合其他一些，至于是啥，还没想好……