2025年SCI一区智能优化算法：真菌生长优化算法（Fungal Growth Optimizer，FGO），提供MATLAB代码

最新推荐文章于 2025-04-02 21:32:29 发布
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分类专栏： MATLAB 智能优化算法 文章标签： 算法 matlab android 人工智能 机器学习 无人机
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一. 真菌生长优化算法（FGO）

真菌生长优化算法（Fungal Growth Optimizer，FGO）是一种新型的自然启发式元启发式算法，其灵感来源于自然界中真菌的生长行为。该算法通过模拟真菌的菌丝尖端生长、分支和孢子萌发等行为，提供了一系列的探索和开发操作符，以解决复杂的优化问题。FGO算法在多个领域展现出了良好的性能，尤其是在解决高维问题和避免陷入局部最优方面具有显著优势。
在这里插入图片描述

1、算法原理

FGO算法的核心在于模拟真菌的三种主要生长行为：菌丝尖端生长、分支和孢子萌发。这些行为在算法中分别对应不同的搜索策略，以实现对解空间的有效探索和开发。

  1. 菌丝尖端生长（Hyphal Tip Growth）：
    菌丝尖端生长是真菌寻找营养物质的主要方式。在FGO算法中，这一行为通过模拟菌丝在搜索空间中的线性生长来实现。菌丝会根据环境中的营养浓度调整其生长方向，以找到营养丰富的区域。这种行为在算法中提供了主要的探索能力，帮助算法在解空间中广泛搜索。

  2. 分支（Branching）：
    分支行为允许真菌从现有的菌丝侧枝上生长出新的菌丝，以进一步探索周围的环境。在FGO算法中，分支行为通过在现有解的基础上生成新的解来实现，从而增强了算法的探索能力。这种机制有助于算法在解空间中发现更多的潜在最优解。

  3. 孢子萌发（Spore Germination）：
    孢子萌发是真菌繁殖的重要方式。在FGO算法中，孢子萌发行为通过在搜索空间中随机生成新的解来实现。这些新的解在算法的早期阶段具有较高的随机性，随着算法的进行，它们的位置会逐渐调整到更接近当前最优解的区域。这种机制有助于算法在保持种群多样性的同时，逐步收敛到最优解。

2、算法流程

输入：种群规模 N N N，最大迭代次数 t max ⁡ t_{\max} tmax​，随机数 r 0 , r 10 , r 2 , r 8 r_0, r_{10}, r_2, r_8 r0​,r10​,r2​,r8​，以及其他相关参数。

输出：最优解 S ∗ S^* S∗。

  1. 初始化：

    • 使用公式 (1) 初始化 N N N 个菌丝个体 S i t S_i^t Sit​。
    • 评估每个 S i t S_i^t Sit​ 的适应度值，并确定适应度值最高的个体作为当前最优解 S ∗ S^* S∗。
    • 设置迭代计数器 t = 1 t = 1 t=1。

  2. 迭代过程：

    • 当 t < t max ⁡ t < t_{\max} t<tmax​ 时，执行以下步骤：
      • 生成两个随机数 r 0 r_0 r0​ 和 r 10 r_{10} r10​，取值范围为 [0, 1]。
      • 如果 r 0 < r 10 r_0 < r_{10} r0​<r10​，执行菌丝尖端生长行为：
        • 对于每个菌丝个体 i = 1 i = 1 i=1 到 N N N：
          • 根据公式 (24) 和 (23) 计算能量 E i E_i Ei​ 和概率 p i p_i pi​。
          • 如果 p i < E i p_i < E_i pi​<Ei​（探索阶段 I）：
            • 使用公式 (8) 更新 S i t + 1 S_i^{t+1} Sit+1​。
          • 否则（开发阶段 I）：
            • 使用公式 (22) 更新 S i t + 1 S_i^{t+1} Sit+1​。
          • 如果新解 S i t + 1 S_i^{t+1} Sit+1​ 的适应度值小于当前解 S i t S_i^t Sit​ 的适应度值：
            • 更新当前解 S i t = S i t + 1 S_i^t = S_i^{t+1} Sit​=Sit+1​。
        • 迭代计数器加 1， t = t + 1 t = t + 1 t=t+1。
      • 否则，执行菌丝分支和孢子萌发行为：
        • 对于每个菌丝个体 i = 1 i = 1 i=1 到 N N N：
          • 生成两个随机数 r 2 r_2 r2​ 和 r 8 r_8 r8​，取值范围为 [0, 1]。
          • 如果 r 2 < 0.5 r_2 < 0.5 r2​<0.5（菌丝分支）：
            • 使用公式 (30) 更新 S i t + 1 S_i^{t+1} Sit+1​。
          • 否则（孢子萌发）：
            • 使用公式 (31) 更新 S i t + 1 S_i^{t+1} Sit+1​。
          • 如果新解 S i t + 1 S_i^{t+1} Sit+1​ 的适应度值小于当前解 S i t S_i^t Sit​ 的适应度值：
            • 更新当前解 S i t = S i t + 1 S_i^t = S_i^{t+1} Sit​=Sit+1​。
        • 迭代计数器加 1， t = t + 1 t = t + 1 t=t+1。

  3. 结束条件：

    • 当迭代次数 t t t 达到最大迭代次数 t max ⁡ t_{\max} tmax​ 时，算法结束。
    • 输出最优解 S ∗ S^* S∗。

3、 详细步骤说明

  1. 初始化：

    • 随机生成 N N N 个初始菌丝个体，每个个体代表一个潜在的解。
    • 评估每个个体的适应度值，找到当前最优解 S ∗ S^* S∗。

  2. 菌丝尖端生长行为：

    • 通过比较随机数 r 0 r_0 r0​ 和 r 10 r_{10} r10​，决定是否执行菌丝尖端生长行为。
    • 对于每个菌丝个体，计算其能量 E i E_i Ei​ 和概率 p i p_i pi​。
    • 根据 p i p_i pi​ 和 E i E_i Ei​ 的关系，决定是进行探索阶段 I 还是开发阶段 I。
    • 使用相应的公式更新菌丝个体的位置。
    • 如果新位置的适应度值更好，则接受新位置。

  3. 菌丝分支和孢子萌发行为：

    • 如果不执行菌丝尖端生长行为，则执行菌丝分支和孢子萌发行为。
    • 对于每个菌丝个体，生成随机数 r 2 r_2 r2​ 和 r 8 r_8 r8​。
    • 根据 r 2 r_2 r2​ 的值，决定是进行菌丝分支还是孢子萌发。
    • 使用相应的公式更新菌丝个体的位置。
    • 如果新位置的适应度值更好，则接受新位置。

  4. 迭代更新：

    • 每次更新后，检查是否满足终止条件（达到最大迭代次数）。
    • 如果满足条件，则输出最优解；否则，继续下一次迭代。
      参考文献：
      [1]Abdel-Basset M, Mohamed R, Abouhawwash M. Fungal growth optimizer: A novel nature-inspired metaheuristic algorithm for stochastic optimization[J]. Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering, 2025, 437: 117825.

二、核心MATLAB代码

% The Fungal Growth Optimizer
function [Gb_Fit,Gb_Sol,Conv_curve]=FGO(N,Tmax,ub,lb,dim,Fun_No,fhd)
%%%%-------------------Definitions--------------------------%%
%%
Gb_Sol=zeros(1,dim); % A vector to include the best-so-far solution
Gb_Fit=inf; % A Scalar variable to include the best-so-far score
Conv_curve=zeros(1,Tmax);
%%-------------------Controlling parameters--------------------------%%
%%
M=0.6; %% Determines the tradeoff percent between exploration and exploitation operators.
Ep=0.7; %% Determines the probability of environmental effect on hyphal growth
R=0.9; %% Determines the speed of convergence to the best-so-far solution
%%---------------Initialization----------------------%%
%%
S=initialization(N,dim,ub,lb); % Initialize the S of crested porcupines
t=0; %% Function evaluation counter
%%---------------------Evaluation-----------------------%%
for i=1:N
    %% Test suites of CEC-2014, CEC-2017, CEC-2020, and CEC-2022
    fit(i)=feval(fhd, S(i,:)',Fun_No);
end
% Update the best-so-far solution
[Gb_Fit,index]=min(fit);
Gb_Sol=S(index,:);
%% A new vector to store the best-so-far position for each hyphae
Sp=S;
opt=Fun_No*100; %% Best-known fitness
%%  Optimization Process of FGO
while t<Tmax && opt~=Gb_Fit
    %% ----------------------------------------------------------------------------- %%
    if t <= Tmax/2 %% Compute the the nutrient allocation according to (12)
        nutrients = rand(N); % Allocate more randomly to encourage fluctuation exploitation
    else
        nutrients = fit;  % Exploitation phase: allocate based on fitness
    end
    nutrients = nutrients / sum(nutrients)+2*rand; % Normalize nutrient allocation according to (13)
    %% ----------------------------------------------------------------------------- %%
    if rand<rand %% Hyphal tip growth behavior %%
        for i=1:N
            a=randi(N);
            b=randi(N);
            c=randi(N);
            while a==i | a==b | c==b | c==a ||c==i |b==i
                a=randi(N);
                b=randi(N);
                c=randi(N);
            end
            p=(fit(i)-min(fit))/(max(fit)-min(fit)+eps); %%% Compute p_i according to (23)
            Er=M+(1-t/(Tmax)).*(1-M); %%% Compute Er according to (24)
            if p<Er
                F=(fit(i)/(sum(fit))).*rand*(1-t/(Tmax))^(1-t/(Tmax)); %% Calculate F according to (5) and (6)
                E=exp(F);  %% Calculate E according to (4)
                r1=rand(1,dim);
                r2=rand;
                U1=r1<r2; %% Binary vector
                S(i,:) = (U1).*S(i,:)+(1-U1).*(S(i,:)+E.*(S(a,:)-S(b,:))); %% Generate the new hyphal growth according to (9)
            else
                Ec = (rand(1, dim) - 0.5) .* rand.*(S(a,:)-S(b,:)); % Compute the additional exploratory step using (17)
                if rand<rand %% Hypha growing in the opposite direction of nutrient-rich areas %
                    De2 = rand(1,dim).* (S(i,:) - Gb_Sol).*(rand(1,dim)>rand); %% Compute De2 according to (16) %%
                    S(i,:) = S(i,:) + De2 .* nutrients(i)+Ec*(rand>rand); %% Compute the new growth for the ith hyphal using (15)
                else %% Growth direction toward nutrient-rich area
                    De = rand.* (S(a, :) - S(i, :)) + rand(1,dim).* ((rand>rand*2-1).*Gb_Sol - S(i, :)).*(rand()>R); %% Compute De according to (11) %%
                    S(i,:) = S(i,:) + De .* nutrients(i)+Ec*(rand>Ep); %% Compute the new growth for the ith hyphal using (14)
                end
            end
            %% Return the search agents that exceed the search space's bounds
            for j=1:size(S,2)
                if  S(i,j)>ub(j)
                    S(i,j)=lb(j)+rand*(ub(j)-lb(j));
                elseif  S(i,j)<lb(j)
                    S(i,j)=lb(j)+rand*(ub(j)-lb(j));
                end
                
            end
            % Calculate the fitness value of the newly generated solution
            nF=feval(fhd, S(i,:)',Fun_No);
            %% update Global & Local best solution
            if  fit(i)<nF
                S(i,:)=Sp(i,:);    % Update local best solution
            else
                Sp(i,:)=S(i,:);
                fit(i)=nF;
                %% update Global best solution
                if  fit(i)<=Gb_Fit
                    Gb_Sol=S(i,:);    % Update global best solution
                    Gb_Fit=fit(i);
                end
            end
            t=t+1; % Move to the next generation
            if t>Tmax
                break
            end
            Conv_curve(t)=Gb_Fit;
        end
        if  t>Tmax
            break;
        end
    else
        r5=rand;
        for i=1:N
            rr=rand(1,dim);
            a=randi(N);
            b=randi(N);
            c=randi(N);
            while a==i | a==b | c==b | c==a ||c==i |b==i
                a=randi(N);
                b=randi(N);
                c=randi(N);
            end
            if rand<0.5 %% Hyphal branching
                EL=1+exp(fit(i)/(sum(fit)))*(rand>rand); %% Compute the growth rate of the hypha produced via lateral branching using (29)
                Dep1=(S(b,:)-S(c,:)); %% Compute Dep1 using (26)
                Dep2=(S(a,:)-Gb_Sol); %% Compute Dep1 using (27)
                r1=rand(1,dim);
                r2=rand;
                U1=r1<r2; %% Binary vector
                S(i,:)= S(i,:).*U1+(S(i,:)+ r5.*Dep1.*EL+ (1-r5).*Dep2.*EL).*(1-U1); % Generate the new branch for the ith hyphal using (30)
            else %% Spore germination
                sig=(rand>rand*2-1); %% 1 or -1
                F=(fit(i)/(sum(fit))).*rand*(1-t/(Tmax))^(1-t/(Tmax)); %% Calculate F according to (5) and (6)
                E=exp(F);  %% Calculate E according to (4)
                for j=1:size(S,2)
                    mu=sig.*rand.*E;
                    if rand>rand
                        S(i,j)=(((t/(Tmax))*Gb_Sol(j)+(1-t/(Tmax))*S(a,j))+S(b,j))/2.0 + mu * abs((S(c,j)+S(a,j)+S(b,j))/3.0-S(i,j));      % Eq. (31)
                    end
                end
            end
            %% Return the search agents that exceed the search space's bounds
            for j=1:size(S,2)
                if  S(i,j)>ub(j)
                    S(i,j)=lb(j)+rand*(ub(j)-lb(j));
                elseif  S(i,j)<lb(j)
                    S(i,j)=lb(j)+rand*(ub(j)-lb(j));
                end
                
            end
            % Calculate the fitness value of the newly generated solution
            nF=feval(fhd, S(i,:)',Fun_No);
            %% update Global & Local best solution
            if  fit(i)<nF
                S(i,:)=Sp(i,:);    % Update local best solution
            else
                Sp(i,:)=S(i,:);
                fit(i)=nF;
                %% update Global best solution
                if  fit(i)<=Gb_Fit
                    Gb_Sol=S(i,:);    % Update global best solution
                    Gb_Fit=fit(i);
                end
            end
            t=t+1; % Move to the next generation
            if t>Tmax
                break
            end
            Conv_curve(t)=Gb_Fit;
        end %% End for i
    end %% End If
    if  t>Tmax
        break;
    end
end%% End while
end
%_________________________________________________________________________%
%  Fungal Growth Optimizer source code demo 1.0               %
%  Developed in MATLAB R2019A                                      %
%                                                                         %
%                                                                         %
%   Main paper: Fungal Growth Optimizer: A Novel Nature-inspired Metaheuristic Algorithm for Stochastic Optimization                       %
%                  %
%                                                                         %
%_________________________________________________________________________%
% This function initialize the first population of search agents
function Positions=initialization(SearchAgents_no,dim,ub,lb)
Boundary_no= length(ub); % numnber of boundaries
% If the boundaries of all variables are equal and user enter a signle
% number for both ub and lb
if Boundary_no==1
     Positions=rand(SearchAgents_no,dim).*(ub-lb)+lb;
end
% If each variable has a different lb and ub
if Boundary_no>1
    for i=1:dim
        ub_i=ub(i);
        lb_i=lb(i);
        Positions(:,i)=rand(SearchAgents_no,1).*(ub_i-lb_i)+lb_i;      
    end
end
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2025年SCI1区TOP：真菌生长优化算法FGO，深度解析+性能实测
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知不足而奋进，望远山而前行
06-25 4180
高性能算法对于解决困难的优化问题的重要性不可低估，在许多情况下，最有效的方法是元启发法。在设计元启发式方法时，无论是在概念上还是在实践中，都应该倾向于简单性。当然，它也必须带来有效的算法。如果我们将元启发法简单地视为指导（针对特定问题）启发法的构造，那么理想的情况是可以在没有任何问题相关知识的情况下使用元启发法。随着元启发法变得越来越复杂，为了追求更好的性能，这种理想情况已被抛在一边。因此，特定问题的知识（除了被引导的启发式知识之外）现在必须纳入元启发式算法中，以达到最先进的水平。
元启发式算法的发展趋势与未来展望
AI天才研究院
01-04 1267
1.背景介绍 元启发式算法(Metaheuristic Algorithms)是一类用于解决复杂优化问题的算法，它们通过探索和利用问题的特点，以及通过一系列策略来逼近问题的最优解。这些算法的主要特点是灵活性、鲁棒性和能够处理大规模问题。在过去的几十年里，元启发式算法已经成为解决复杂优化问题的主要方法之一，并在许多领域得到了广泛应用，如工程优化、物流、生物学、金融、人工智能等。 在本文中，我们将...
启发式算法python示例：元启发式算法 Metaheuristic Algorithm
猛码Memmat
07-17 1453
meta_heuristic
【优化算法】自适应对抗粘菌优化算法 (AOSMA)【含Matlab源码 1425期】.zip
11-06
自适应对抗粘菌优化算法（Adaptive Ant Fungal Optimization Algorithm, 简称AOSMA）是一种基于生物行为的优化算法，灵感来源于真菌在环境中的寻找食物过程。该算法结合了粘菌的觅食机制和自适应策略，旨在解决复杂...
目标检测提案：评估用于检测显微图像中空气传播真菌孢子的图像处理算法-研究论文
06-10
进一步介绍了一种新的算法“智能超像素”，专门为在显微图像中检测空气真菌孢子而开发。 基准测试考虑了几个关于算法速度、空间效率、召回准确度、定位精度和冗余度的定性和定量标准。 基准测试结果表明，引入的...
Mechanism of fungal growth suppression by excessive soil phosphorus
01-02
过量土壤磷抑制真菌生长的机理研究，为了解决全球因过度使用传统化学肥料导致的真菌生长抑制问题，提供了重要的理论依据和实践意义。本研究由曹志平教授领衔，在中国农业大学资源与环境科学学院生态与生态工程系完成...
读博后降维打击数学建模！
Datawhale
02-25 1135
Datawhale干货作者：小雨姑娘，康涅狄格大学，Datawhale成员文章来自知乎提问：如何评价 2021 年美国大学生数学建模竞赛？今年赛情如何？来凑个热闹降维打击美赛了，写一写...
基于FGO-VMD-SVM网络的轴承故障诊断研究，matlab代码，方法新可直接发文
天天酷科研的博客
04-02 711
基于FGO-VMD-SVM网络的轴承故障诊断研究，matlab代码，方法新可直接发文
智能优化算法-焦点群优化算法Focus Group Optimization Algorithm（附Matlab代码）
weixin_44028734的博客
12-01 133
本文介绍了一种求解优化问题的新型优化算法——。该算法的灵感来自于群体成员分享他们对特定主题的想法(解决方案)的行为，并试图在合作和讨论的基础上改进解决方案。该成果在International Journal of Computational Intelligence and Applications 上。采用优化领域常用的几种有约束和无约束基准函数对算法进行了评价。实验结果与其他著名的进化算法进行了比较，证明了该算法在处理优化问题方面的高性能。
SCI一区顶刊优化算法改进：基于强化学习的神经网络算法RLNNA，你绝对没见过，非常新颖！
QSJIQIXUEXI的博客
03-28 2095
应小伙伴要求，今天为大家带来一期在2023年SCI一区顶刊上的算法改进：基于强化学习的神经网络优化算法代码与原理讲解，非常新颖！相信大家也从来没见过，效果不错！注意！这里的神经网络并不是传统意义上的神经网络，而是一种优化算法，大家可以类比为动物园优化算法，只是这位作者借用了神经网络的思想取名为神经网络优化算法（NNA），其本质上还是随机搜索的群智能优化算法，有点唬人！
2025年最新SCI2区TOP：龙卷风优化算法TOC，深度解析+性能实测
Logic_9527的博客
02-22 1029
本文提出了一种新的元启发式算法——带科氏力的龙卷风优化算法（TOC），该算法用于解决连续搜索空间中的全局优化问题和约束工程问题。TOC优化器的设计灵感来源于自然雷暴和风暴如何通过科氏力演变成龙卷风。科氏力在本算法中被应用于风暴的演变过程，从而促进龙卷风的形成和发展。TOC算法通过数学建模，模拟了风暴和雷暴形成龙卷风的行为步骤，并进一步描述了龙卷风在地面上的消散过程。
基于fpga真菌生长
03-30
<think>好的，用户想了解如何利用FPGA模拟或监测真菌生长，特别是实现真菌生长仿真或基于FPGA的生物计算模型。我需要先理解用户的需求。可能他们是在研究生物计算或电子工程领域，想将硬件加速应用于生物模型仿真。首先，我得回顾FPGA的基本特点，比如并行处理、可重构性，以及它们在实时系统中的应用。 接下来，真菌生长模型通常涉及扩散、营养消耗、环境因素等，可能需要偏微分方程或元胞自动机来模拟。例如，使用反应扩散模型（比如Gray-Scott模型）。FPGA擅长并行计算，适合处理这类空间离散化的模型，每个处理单元可以对应一个元胞，同时更新状态。 然后，我需要考虑实现步骤：首先是模型选择，确定数学方程；然后进行算法优化，将连续模型离散化，可能需要将微分方程转化为差分方程；接着是硬件设计，设计并行架构，分配计算单元，处理数据流；最后是验证和结果输出，比如通过VGA显示或数据存储。 另外，用户可能关心如何将生物模型映射到硬件上，这涉及到硬件描述语言（如Verilog或VHDL）的使用，以及如何优化资源利用，比如乘法器和存储单元。同时，实时监测可能需要传感器数据输入，FPGA处理数据后输出控制信号或可视化结果。 还要考虑现有研究或案例，比如是否有类似的FPGA生物模拟项目，可以引用相关文献。例如，元胞自动机在FPGA上的实现已被用于流体动力学模拟，类似的方法可能适用于真菌生长。此外，可能需要比较FPGA与其他方法（如GPU）的优势，比如低延迟和能效。 用户可能没有明确说出的深层需求是希望高效、实时的仿真，或者集成到更大的系统中进行实时监测。因此，在回答时需要强调FPGA的并行处理能力和实时性优势，以及如何具体实施各个步骤，包括模型转换到硬件、资源管理、结果可视化等。 最后，生成相关问题时要围绕模型选择、硬件设计挑战、性能优化、与其他技术的比较，以及实际应用场景，帮助用户进一步探索该主题。</think># 基于FPGA的真菌生长仿真与生物计算实现 ## 一、实现原理 真菌生长仿真需要结合生物数学模型与硬件加速技术。FPGA因其$并行计算能力$和$可重构特性$，可高效模拟菌丝网络扩展、营养扩散等动态过程[^1]。典型的真菌生长模型常采用： $$ \frac{\partial C}{\partial t} = D\nabla^2 C - \kappa C + S $$ 其中$C$为营养浓度，$D$为扩散系数，$\kappa$为吸收率，$S$为外部供给项。 ## 二、实现步骤 1. **模型离散化** 将连续空间划分为$N \times N$网格，每个单元对应FPGA逻辑单元，实现$O(1)$时间复杂度的并行状态更新。 2. **硬件架构设计** ```systemverilog module fungal_cell( input logic clk, input logic [7:0] neighbor_nutrients, output logic [7:0] cell_state ); always_ff @(posedge clk) begin cell_state <= diffusion_calc(neighbor_nutrients); end endmodule ``` 3. **实时监测实现** - 通过HDMI接口实现生长过程可视化 - 集成温湿度传感器(如I2C接口SHT35) - 动态参数调整：通过PWM控制模拟环境变化 ## 三、关键技术 1. **并行流水线设计** 采用$二维脉动阵列$结构，每个处理单元对应1mm²仿真区域，可实现$10^6$单元/秒的更新速率。 2. **定点数优化** 使用Q8.8定点格式代替浮点运算，资源消耗降低$73\%$[^2]。 3. **动态重构技术** 通过部分重构实现模型参数在线调整，响应时间<5ms。 ## 四、应用场景 1. 农业病害预测系统 2. 生物材料生长控制 3. 生态修复效果模拟 4. 真菌-植物共生研究平台
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