OTU/ASV/Feature tabel 表格 过滤 相对丰度 微生物

自己看微生物 扩增子或宏基因组文章的材料方法，找过滤标准

然后转化成相对丰度

#导入数据 #行=样本 列=OTU

data=read.csv("L6.csv",row.names = 1,header=T)

#ASVs with fewer than 10 reads were removed.
data[data < 10] <- 0

#过滤方法
library(Hmisc)
#我处理的属水平
genus <- data

#相对丰度转化
A=genus  #行=样本 列=OTU
C=A/rowSums(A)
genus=t(C)

#可选事先过滤一些低丰度或低频的类群，行=OTU
#例如只保留相对丰度总和高于 0.01% 的属
genus <- genus[which(rowSums(genus) >= 0.0001), ] 

genus1 <- genus
#大于0的赋值为1
genus1[genus1>0] <- 1
#上一步大于0变成1后，下一步合算1多少个，保留下来
genus <- genus[which(rowSums(genus1) >=52 ), ]  
#例如只保留在 52个及以上样本中出现的属 按20%计算

write.table(genus,"L6_filter_0.0001.csv",sep=",",row.names=TRUE,col.names=TRUE)