如何下载NCBI上的10X单细胞测序原始数据并用于Cell Ranger分析

1. 获取数据的SRR*

根据参考文献提供的GEO数据链接，直接在浏览器打开，或者NCBI官网检索GSE号，在数据网址的最下方点击SRA Run Selector链接跳转至新的页面，该页面包含原始fastq文件的SRR编号，和样本的一些基本信息。

2. 使用fastq-dump下载数据

以SRR9264343为例

fastq-dump --split-files --gzip SRR9264343

下载完成后有以下三个文件，Cell Ranger mkfastq处理之后，一般会产生3个fastq.gz文件，分别是I1文件，8bp的样本barcodes；R1文件16bp feature barcodes + 10 bp/12 bp UMI; R2文件转录组的reads文件。

从SRA Run Selector页面，单击单个样本的SRR*，可以跳转至以下页面并点击Data access，根据Original format处的信息，可以清晰地分辨下载后3个的文件分别对应的具体文件。

3. 下载文件修改命名

Cell Ranger 要求fastq文件的命名符合 bcl2fastq文件的命名规范，即以下模式：

[Sample Name]_S1_L00[Lane Number]_[Read Type]_001.fastq.gz

修改文件名，使其符合规范。或者直接将上面original format信息中Name列文件名修拷贝过去，修改后的文件名如下：

参考网址

https://kb.10xgenomics.com/hc/en-us/articles/115003802691-How-do-I-prepare-Sequence-Read-Archive-SRA-data-from-NCBI-for-Cell-Ranger

understand 10x scRNAseq and scATAC fastqs | DNA confesses Data speak