PhyML建树

参考教程：PhyML3.1使用手册

一.建树前先选择模型

先将vcf文件转化为nexus文件，使用脚本vcf2phylip.py

vcf2phylip.py -i test.vcf -f -n -b（得到neux、phy文件）

将生成的nexus文件加载至PAUP Gui中，选择Modertest计算最佳模型，modelfile.log文件中为56个模型的匹配结果，在App文件夹中的BatNEX.nex文件为最终得到的最佳模型结果。

运行结束后会弹出结果log文件（需自行保存），将该文件打开，查找AIC结果，如下所示。

二.建树

1.输入文件:输入序列文件（.phy格式的文件）所在的路径

 2.enter进入参数设置页面