VESTA官方手册 | 第十二章：对象的性质

第十二章 对象的性质

同对象的性质可在Properties对话框中，和侧边栏的Objects选项卡中编辑。

12.1 Properties对话框

单击侧边栏Style选项卡上的Properties按钮，可打开Properties对话框。该对话框也可通过选择菜单栏中的Objects | Properties选项中的一个子菜单打卡。当勾选了Preview选项时，将在图形区域中实时反映Properties对话框中的更改。单击OK按钮，应用所有的修改，或单击cancel按钮，取消所有的更改。如果单击了Save as default按钮，当前性质将被保存为VESTA中的默认值。

12.1.1 General选项卡

Properties对话框中的第一个选项卡即为General选项卡（图12.1）。

Unit cell单位晶胞

图形区域中单位晶胞边缘的显示由以下三个单选按钮控制：

· Do not show不显示：不显示单位晶胞边缘。

· Single unit cell单个单位晶胞：显示单个单位晶胞的边缘。

· All unit cells所有单位晶胞：显示图形边界内单位晶胞的所有边缘。

有三种单位晶胞边缘线型可供选择：“Solid lines实线”、“Dotted lines点线”和“Dashed lines虚线”。在Line width文本框中输入线宽。可通过输入范围从0到255的R、G和B值，或通过单击Select按钮后打开的颜色选择对话框中选择一种颜色来设置线的颜色。

Axes坐标轴

Show Compass用于打开或关闭指示a、b和c轴（或笛卡尔坐标下的x、y和z轴）的三个箭头的显示。Show Axis Labels用于打开或关闭坐标轴标签“a”、“b”和“c”（或在笛卡尔坐标系下的“x”、“y”和“z”）的显示。

图12.1：Properties对话框的General选项卡

Shapes外形

晶体形貌边缘的可见性、线宽和颜色可输入到Shapes框中。

12.1.2 Atoms选项卡

Properties对话框中的第二个选项卡即为Atoms选项卡（图12.2）。

Material材质

· Specular镜面反射，是反射光的颜色，以镜子的方式使光在特定方向上急剧反射。高镜面反射光往往会在其照射的表面上产生亮点，称为镜面高光。

· Shininess反光度，是一个属性，指定镜面反射高光的大小和焦点。值0指定未聚焦的镜面高光。

Resolution分辨率

Stacks和Slices是所有原子共有的参数，可更改屏幕上显示的原子的分辨率（质量）。Stacks表示沿Z轴的划分数量（类似于纬度线），而Slices表示围绕Z轴的划分数量（类似经度线）。由于其中原子由完美球体表示，Stacks和Slices在球棍以及空间填充模型中应该彼此相等。通常，减少Stacks和Slices会加快图形区域中对象的渲染速度。

图12.2：Properties对话框的Atoms选项卡

Atom style原子类型

选择以下两个单选按钮中的一个，用于设置原子在图形区域的显示模式：（1）Show as balls显示为球体，或（2）Show as displacement ellipsoids显示为位移椭球。

· Show as balls：原子显示为球体。可以从Radii type列表框中，从以下三种类型中选择默认原子半径类型：

- Atomic原子半径：金属或共价半径，其值主要取自其他参考文献。

- Ionic离子半径：Shannon编制的代表性氧化态和配位数的有效离子半径。

- van der Waals：半径。

用户可以通过编辑VESTA程序文件夹中的文本文件elements.ini，修改原子、离子和范德华半径的默认值。

· Show as displacement ellipsoids：原子显示为椭球体，以表示原子的各向异性位移，其形状由各向异性原子位移参数βij或Uij计算（见6.3.5节）。在Probability文本框中输入椭球体中包含原子核的概率（百分比）。当绘制位移椭球体时，这普遍应用于所有原子。如果选中Show principal ellipses显示主平面椭圆选项，则在每个椭球体的表面上绘制对应于三个主平面的三个主椭圆（图12.3）。在Line width文本框中输入主椭圆的线宽。

图12.3：原子的位移椭球（A）绘制主方向椭圆，（B）未绘制主方向椭圆

图12.4：具有负均方位移的四原子结构的位移椭球模型

如果一个或多个主轴具有负均方位移，则原子由长方体表示，从而可以容易地识别异常的原子位移参数（图12.4）。每个长方体根据主轴定向，长方体的尺寸根据均方位移的绝对值绘制。

· Hide non-bonding atoms隐藏非键原子：此选项隐藏未通过化学键连接的原子，但这些原子的晶体位置具有大于0的配位数。换句话说，如果所有配位原子都位于绘图边界之外，则原子不可见。

Radius and color半径和着色

从Symbol列表框中选择元素的符号，然后指定其Radius。原子（元素）的颜色可以通过输入范围从0到255的R、G和B值，或者单击Select按钮后打开的颜色选择对话框中选取一种颜色进行设置。

图12.5：Fd-3m空间群（A）灯禁用和（B）灯启用时的一般位置图

Labels标签

可为原子标签选择以下两种类型之一：（1）“Names of elements元素名称”或（2）“Names of sites位点名称”。标签显示在原子附近，沿z轴偏移，以Å为单位。当勾选“Mark enantiomorphic sites标记对映异构位点”选项时，由反演、旋转或镜像对称操作生成的原子标记为“,”符号。这些位置是相对于非标记位置的对映位点。该选项可用于绘制一般位置图（图12.5），类似于“国际结晶学表”第A卷中所示的位置图。当原子位置与对映对称元素重合时，原始位置和对映对称位置重合。这样一个原子由原子左半部分的一个“,”标记表示，中间以“|”分隔。

12.1.3 Bonds选项卡

Properties对话框中的第三个选项卡即为Bonds选项卡（图12.6）。

Material材质

与Atoms选项卡一致（见12.1.2节）。

Resolution分辨率

与Atoms选项卡一致（见12.1.2节）。

Bond style化学键类型

可在该选项框中设置一下六种类型的化学键之一：

· Unicolor cylinder单色圆柱体：每个键都绘制为圆柱体，其颜色可以在颜色面板中更改。

图12.6：Properties对话框的Bonds选项卡

· Bicolor cylinder双色圆柱体：每个键绘制为一个圆柱体，两个原子化学键的颜色相互连接。键的两种颜色与通过键连接的原子的颜色完全相同。

· Color line着色线：每一条连接线绘制为一条直线，其颜色可在颜色面板中更改。

· Gradient line梯度线：每个键绘制为连接两个原子的线，颜色呈梯度分布。每个键的线末端的颜色与原子的颜色相同。

· Dotted line点线

· Dashed line虚线

Radius and color半径和颜色

在Radius (cylinder)文本框中，可更改棒状模型中每个圆柱体化学键的半径。圆柱体的实际半径为输入值的40%。在Width (line)文本框中可更改线状模型化学键的线宽。在这两个文本框下方的颜色工具中，可更改单色样式中的键的颜色。

12.1.4 Polyhedra选项卡

Properties对话框中的第四个选项卡即为Polyhedra选项卡（图12.7）。

图12.7：Properties对话框的Polyhedra选项卡

Material材质

Specular和Shininess与Atoms选项卡一致（见12.1.2节）。配位多面体的Opacity（不透明度）中，输入255对应于不透明平面（每个配位多面体的内部不可见），0对应于完全透明平面（配位多面体不可见）。

Polyhedral style多面体样式

配位多面体的样式可从以下六种类型的样式中选择，这些样式在Polyhedral style框中以示意图方式显示：

· 显示原子和化学键，不显示配位多面体

· 显示原子、化学键和配位多面体（默认）

· 显示原子和配位多面体

· 显示中心原子和配位多面体

· 仅显示配位多面体

· 仅显示化学键

Planes表面

此处设置了每个配位多面体的表面颜色。从Central atom列表框中选择一个元素以指定其颜色。配位多面体的默认颜色与中心原子的颜色相同。

Edges边缘

配位多面体边的可见性、线宽和颜色可在Edges框中输入。

12.5.1 Isosurfaces选项卡

Properties对话框中的第五个选项卡即为Isosurfaces选项卡（图12.8）。

Material材质

与Atoms选项卡一致（见12.1.2节）。

图12.8：Properties对话框的Isosurfaces选项卡

Isosurfaces等值面

在Isosurfaces框的顶部，以原始数据为单位显示最小和最大数据值。数据值，如电子和核密度，以及等值面上的波函数等于Isosurface level，即d(iso)。密度大于d(iso)的所有点都位于等高线内，而密度小于d(iso)的点，则位于等高线外。

在框的下半部分，将显示等值面列表。要添加新的等值面，应单击New按钮，然后编辑等值面数值和颜色。要删除等值面，可在列表中选择一项，然后按下Delete按钮。按下Clear按钮将删除所有等值面。

多边形的渲染顺序  可以使用“Render from front to back从前到后渲染”选项，更改绘制多边形的顺序。默认情况下，多边形是从后面渲染的，因此最近邻表面后面的等值面通过半透明等值面可见。在某些情况下，对于复杂的等值面，可能很难理解等值面的形状，因为它们彼此严重重叠。选中Render from front to back选项时，仅渲染最近邻的表面。使用此选项有时可能会提高复杂等高线的可见性，因为既不绘制后面的表面，也不绘制内部表面。

图12.9说明了{Cd[S4Mo3(Hnta)3]2}4-（H3nta：亚硝三乙酸）离子，通过离散变分Xα方法和DVSCAT得到的电子态计算结果三维可视化时，两种渲染模式之间的差异。

图12.9：钼镉团簇{Cd[S4Mo3(Hnta)3]2}4-的两种绘制等值面的模式之间的比较：（A）Render from behind（默认）和（B）Render from front to back。根据静电势着色的电子密度等值面和球棍模型的合成图像，显示等值面级别为0.03a0-3，等值面上的静电势范围为-0.814 Ry（蓝色）至0.174 Ry（红色）

等值面类型  对于同时具有正值和负值的体数据，可以选择可见表面：

· Positive and negative正负值

· Positive正值

· negative负值

图12.10举例说明了使用DVSCAT计算的复合离子波函数的等值面，其中球棍模型叠加在等值面上。黄色和蓝色表面分别表示正值和负值。

等值面不透明度  等值面的不透明度由两个参数设置：Opacity 1（O1）和Opacity 2（O2），如图12.11所示。O1是平行于屏幕的多边形的不透明度，O2是垂直于屏幕的多边形的不透明度（图12.12）。法向量为（x，y，z）的多边形p的不透明度O(p)通过O1和O2的线性组合计算。

图12.10：{Cd[S4Mo3(Hnta)3]2}4-离子的64a1g轨道的球棍模型。波函数的等值面级别设置为0.01a0-3/2（黄色）和-0.01a0-3/2（蓝色），其中a0是玻尔半径

图12.11：为C114H76的电子密度等值面和球棍模型的合成图像，具有两对不透明度参数：（A）O1=153，O2=255；（B）O1=26，O2=179。使用DVSCAT计算电子密度，并以0.01a0-3的等密度等级进行可视化

Surface coloring表面着色

加载为表面着色的体数据后，可以根据这些数据对等值面进行着色。颜色的饱和度被指定为（a）在0和100之间归一化的值，以及（b）对应于原始数据的值。这基本上与晶格平面和等值面切面的颜色设置相同（见12.1.6节），但0和100的归一化值对应于当前等值面上的最小和最大数据值，而不是数据集本身。

图12.12：等值面方向与两个不透明度参数O1和O2之间关系的示意图

根据原始数据单位，即原始数据单位中的最小饱和度Smin和最大饱和度Smax，计算用于确定数据点颜色的颜色指数T：

12.1.6 Sections选项卡

Properties对话框中的第七个（最后一个）选项卡即为Sections选项卡（图12.13）。

对于体数据，晶格平面和等值面切面均根据其数值着色（图12.14）。颜色的饱和度水平设置为（a）分别对应于最小和最大数据值的在0和100之间归一化的值，以及（b）对应于原始数据的值。以原始数据为单位，根据最小饱和度Smin和最大饱和度Smax，计算值为d的数据点的颜色指数T：

值大于Smax和小于Smin的数据点的颜色分别与Smin和Smax的颜色相同。根据颜色模式，每个点的颜色由T确定。可从列表框中选择六种颜色模式之一，即B-G-R、R-G-B、C-M-Y、Y-M-C、灰度（从黑到白）和逆灰度。例如，在B-G-R模式下，蓝色为0，绿色为0.5，红色为1，如图12.15所示。

选中“Absolute values绝对值”选项时，将根据数据的绝对值分配颜色。

图12.13：Properties对话框的Sections选项卡

选项“Assign colors recursively递归分配颜色”将彩虹色递归地分配给值小于或大于饱和度的数据点，这提供了类似于中间带有渐变颜色的等值线的效果。切面不透明度在Opacity of drawn sections框中设置，晶面的不透明度在Lattice Planes对话框中设置（参见9.2节）。当Cutoff level of lattice plane大于0时，将省略数据值小于截止面的晶面的某些部分。

图12.14：利用MEM进行单晶中子衍射获得的在580 K下KOD核密度分布数据。从（0, 0, 0）到（1, 1, 1）的坐标范围以（111）为截止面绘制。D原子在O原子周围高度无序

图12.15：饱和度水平、数据值和切面颜色之间的关系

12.2 侧边栏中的Objects选项卡

12.2.1 相和对象列表

Objects选项卡的上半部分，列出了每个相中所包含对象的概览（图12.16）。如果相数据中包含原子、键、多面体、切面和晶体外形，则显示在列表中。选择其中一个，可在选项卡下半部分查看该对象的更多详细信息。

图12.16：侧边栏中的Objects选项卡显示了第一相的晶体学位点列表

12.2.2 原子

第一列（Site位点）列出了按元素分组的晶体学位点。第二列（r(Å)）给出了元素和晶体学位点的半径。要编辑这些数据，可选择一行并单击文本。第三列（C）显示原子的颜色，可以通过双击正方形区域进行编辑。第四至第六列（L、S和V）为原子的可视化属性，即标签、选择状态和可见性。如果编辑了某个元素的属性，则该更改将应用于该元素的所有位点。

12.2.3 化学键

当化学键范式列表显示在Objects选项卡的下半部分（图12.17）时，第一列（Bond）给出了相互键合的原子对。第二列（S）显示键的样式，可以通过双击键的第二列进行更改。第三列（r/w）给出了键的半径或线宽。当键以圆柱体显示（样式1和2）时，它们以Å为单位设置，在显示化学键时按0.4的因子重新缩放。当键以实线、虚线或点线显示（样式3–6）时，它们以像素为单位设置。第四列（C）显示键的颜色，通过双击颜色方块进行编辑。第五列和第六列（S和V）分别控制键的选择状态和可见性。

图12.17：侧边栏中的Objects选项卡显示了化学键范式列表

12.2.4 多面体

当多面体列表显示在Objects选项卡的下半部分（图12.18）时，第一列（polyhedra）给出了按元素分组的晶体学位点。第二列（C）显示多面体的颜色和不透明性。第三列和第四列（S和V）分别控制多面体的选择状态和可见性。如果编辑了某个元素的多面体属性，则该更改将应用于该元素的所有位点。

图12.18：侧边栏中的Objects选项卡显示了多面体列表

12.2.5 切面

当切面列表显示在Objects选项卡的下半部分（图12.19）时，第一列（Slice）给出了切面的米勒指数。第二列（d (Å)）为从原点到切面的距离，第三列（C）显示切面的颜色和不透明度。

图12.19：侧边栏中的Objects选项卡显示了切面列表

12.2.6 晶体外形

当晶体形态的外形和晶面列表显示在Objects选项卡的下半部分（图12.20）时，第一行为一个特殊条目，以即时控制Unicolor样式中的外形颜色，和标签的可见性。第一列（Face）给出了按晶体学等效外形分组的面的米勒指数。第二列（d (Å)）为从原点到晶面的距离，第三列（C）显示晶面的颜色和不透明度。第四列（L）控制晶面标签的可见性。如果编辑了外形的属性，则该更改将应用于晶体学等效的所有晶面。

图12.20：侧边栏中的Objects选项卡显示了晶体形态的外形和晶面列表