10X空间转录组分析之肿瘤边界

hello，大家好，今天给大家科普一些肿瘤方面的知识，当然，也是对自己的一些补充。

研究肿瘤的童鞋对p-EMT应该不陌生，意思是partial epithelial-to-mesenchymal transition（上皮间质转化），很多的研究表明Cells expressing the p-EMT program spatially localized to the leading edge of primary tumors。对于单细胞来讲，这样的分析是绝对做不到的，所以开始借助空间的技术，原先应用最多的技术是免疫荧光，现在么，很多研究者青睐于10X空间转录组，但这一次，我们来了解一下对于肿瘤至关重要的肿瘤边界。

间质转换不比我多说，做为研究者都知道其中的利害关系，很多研究都表明p-EMT Cells Localize to the Leading Edge in Proximity to CAFs（或者肿瘤边界区域），对于这种“恶性”细胞类型来讲，其空间位置至关重要。

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肿瘤部位的染色切片大家应该都了解吧，不必我多说，“恶性”细胞的分布，带给我们最直接的启发就是The localization of the p-EMT program to the leading edge prompted us to consider interactions with the TME, such as ligand-receptor signaling.（就是边界扭曲的细胞交流）。对于单细胞来讲，We inferred putative tumor-stromal interactions based on expression of a ligand by one cell type and a corresponding receptor by another cell type。但这种方式欠考虑，空间上更多考虑空间的临近通讯，这里就是边界通讯，反映出局部微环境的显著差异。我们来看看单细胞分析的角度结果。This predicted ‘‘outgoing’’ signals from malignant cells to the various TME cell types in similar proportions。

这样的结果也相当不错，边界阻隔效应很明显，包括输入信号和输出信号。These included interactions that may promote EMT, such as TGFB3-TGFBR2, FGF7-FGFR2, and CXCL12-CXCR7 。

来一句总结，take together, these data suggest that paracrine interactions between CAFs and malignant cells promote a p-EMT program at the leading edge of HNSCC tumors with potential roles in tumor invasion.（看来肿瘤研究边界是一门很深的学问）.

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