10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之转录因子的分析方法与解读

作者，追风少年i

最近呢，收到了很多粉丝的提问，其实关于多样本通讯分析比较的内容我已经在单细胞个性化分析之多样本细胞通讯比较篇一文中详细说明，还有一个提问较多的问题就是关于SCENIC的分析内容解读，听了很多客户的意见，我发现很多人都无法掌握SCENIC该如何运用，分析完的结果也不知道有哪些用处，该如何解读，其实关于SCENIC，我已经写了一下代码文，这一篇带大家来进行如何解读和文章中的运用。

首先思考一个问题，直接拿注释好的单细胞样本分析SCENIC有意义吗？？？免疫细胞和组织细胞比较分析的调节子能说明什么？？？

10X单细胞（10X空间转录组）之基因网络推断方法之间的优劣势

10X单细胞数据分析转录因子的前世今生---scenic

10X单细胞（10X空间转录组）转录因子活性分析之DoRothEA

9月初人生迎来转折，面临重要选择，当断不断，必受其乱

首先我们先来看看TF调节靶基因的原理

原则上转录因子跟基因的开放情况相关，但一般我们只有单细胞转录组的数据。

我们解读一下原理

• If only scRNA-seq data is available, then it is natural to identify such TFs by searching for TFs whose expression correlation with the differential TG is significantly different in the two linked subpopulations

• first construct a numerical index to represent the regulatory potential of a TF on a TG. This index, which we call transcription factor regulatory potential (TFRP), is a cell-specific index defined as the product of the (cell-specific) expression of the TF and its regulatory potential on the TG, where the regulatory potent