关于10X空间转录组质控分析的讨论

最新推荐文章于 2024-10-13 20:28:02 发布

追风少年ii

最新推荐文章于 2024-10-13 20:28:02 发布

阅读量871

点赞数 12

文章标签：单细胞大数据数据分析空间转录组

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_53637133/article/details/139053158

版权

本文探讨了空间转录组是否需要类似单细胞的质控分析。大部分高分文献显示，空间转录组通常不做去除线粒体、红细胞等质控，而是直接进行图片校准后的下游分析，但部分研究会过滤掉低质量基因或转录本。

摘要由CSDN通过智能技术生成

作者，Evil Genius

又是新的一周，这周的空气真好。

今天我们来讨论一个关于质控的问题，我们都知道单细胞是需要质控的，去除低质量的细胞、去除双细胞等等，那么空间转录组是否也需要类似的质控分析呢？或者说空间转录组应该如何做质控分析呢？这里我们也参考大量的文献，看看高分文献都是怎么做的。

文献Midkine expression by stem-like tumor cells drives persistence to mTOR inhibition and an immune-suppressive microenvironment
杂志:Nature Communications
时间:2022年8月
样本类型:kidney（癌样本）
空转质控标准：无质控，图片校准之后直接下游分析(直接标准化，降维聚类)

文献Integrated single-cell transcriptomic analyses reveal that GPNMB-high macrophages promote PN-MES transition and impede T cell activation in GBM
杂志:EBioMedicine
时间:2022年9月
样本类型:Glioblastoma
空转质控标准：无质控，图片校准之后直接下游分析(直接标准化，降维聚类)

文献Spatial multi-omic map of human myocardial infarction
杂志：nature
时间: 2022年8月
样本类型：心脏（心肌梗死样本）
空转质控标准：Spots with less than 300 measured genes and less than 500 UMIs were filtered out. Ribosomal and mitochondrial genes were excluded from this analysis.