Nat Genetics|单细胞、单核、VDJ、空间构建肺全图谱和免疫生态位

最新推荐文章于 2024-10-08 17:39:57 发布

追风少年ii

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文章标签：数据库空间转录组单细胞数据分析

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_53637133/article/details/139135229

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研究结合单细胞、单核、VDJ和空间转录组学，创建了人类肺部的全面细胞图谱，发现了一个名为腺体相关免疫生态位（GAIN）的新结构，涉及IgA浆细胞与SMG的共定位，对理解肺部疾病有重要意义。

摘要由CSDN通过智能技术生成

作者，Evil Genius

新的一周，虽然还很难，但是有希望

今天我们来分享一篇文献，A spatially resolved atlas of the human lung characterizes a gland-associated immune niche,2023年1月发表于nature genetics，文章运用了很多比较值得学习的方法,对于单细胞、单核、VDJ，尤其对于空间细胞类型共定位的运用很好，我放在了最后，大家随意取阅。

肺脏除了拥有气体交换功能外，还具有重要的屏障功能，对人体健康至关重要。肺脏功能异常可引起肺部疾病。目前，肺部疾病在全球死亡原因中排名第三，全面了解界定肺功能的细胞和微环境对于治疗肺部疾病十分重要。

虽然单细胞转录组层面的研究已经促进了人们对肺功能的理解，但肺是由复杂的结构和环境共同组成的，不能仅通过单细胞转录组测序对其进行研究。肺细胞是如何组装的、特定的细胞类型（尤其是罕见的细胞类型）是如何导致肺部疾病等仍是悬而未决的难题。因此，了解健康肺部局部环境中细胞之间的联系可以帮助医生确定疾病中什么被破坏，为如何预防或治疗肺部疾病提供线索。

来自英国威康桑格研究所、剑桥大学的研究人员联合单细胞、空间转录组学（spatial transcriptomics，ST）方法，对已故器官捐赠者的健康肺和气道进行深层组织细胞解析，并沿着呼吸树从近端到远端轴线对组织细胞类型进行表征，共鉴定了80种细胞类型/状态，其中涵盖11种在先前的肺图谱研究中未被定义的细胞类型，构建了全面的人肺细胞图谱，并定义了一个腺体相关免疫生态位（gland-associated immune niche，GAIN）。

我们来看一下这篇文章：

文章首先通过scRNA-seq、snRNA-seq、VDJ-seq和ST深层分析了人类肺部和气道的五个近端到远端位置的组织样本，以捕获软骨、肌肉和粘膜下腺（SMG）等结构。对13名捐赠者的肺组织中的近20万个细胞进行了基因分析，发现了11种新细胞类型，共鉴定并显示了80种细胞类型的确切位置。根据特征性基因的表达，这些细胞大致可区分为上皮细胞、免疫细胞、红系细胞、内皮细胞和间质细胞。此外，研究发现在上述新的细胞类型中，支气管周围成纤维细胞与慢性阻塞性肺病（COPD）和特发性肺纤维化有关。