【R语言】绘制PCA之三:为什么删除一个重复、离群样本，PCA分布变化很大，变分散或 变集中。

1.剔除样本以后，PCA图里的点变集中

示例1：为什么剔除重复样本以后，反而聚在了一起。

原因：

1.1 PCA分析首先是要计算亲缘关系系数的；重复样本A、B的亲缘关系系数必然会很高，达0.99以上。

1.2 PCA作图，每个点与点之间是一个相对的概念，当2个样本A、B为重复样本时，2个样本A、B之间的距离，相对于A、B与其它样本C、D、E、F、G 亲缘关系是近的，所以A、B与其它样本C、D、E、F、G就显著的分散开2堆；

1.3 当A、B删除掉一个重复以后，A与其它样本C、D、E、F、G 亲缘关系就相对变化，PCA就变成了1堆。

     去掉重复样本A后变聚集      

2.剔除离群样本以后，PCA图里的点变分散

同样道理，当剔除一个离群样本以后，PCA图里会涌现更多的离群样本。

原因：亲缘关系的相对远近。

1.1 对于离群样本A , 其余样本B、C、D、E、F、G 与A 亲缘关系比较远，所以会发现A是离群样本。A与B、C、D、E、F、G样本间的亲缘关系太远，导致B、C、D、E、F、G之间的亲缘关系相对比较显得比较近。

1.2 当去掉一个极端亲缘关系较远的样本A以后，B、C、D、E、F、G之间的亲缘关系就会放大，显现出来，点就会变得分散。

    去掉离群样本A后又出现离群